ვუდი, ბაზი და ენდის დანარჩენი სათამაშოები უკვე წლებია თაროზე აწყვია. ენდი გაიზარდა და კოლეჯში მიდის, სათამაშოები კი შეცდომით საბავშვო ბაღში აღმოჩნდებიან. მეგობრებმა ერთად უნდა მოახერხონ გაქცევა და ენდისთან დაბრუნება
ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.
კიდევ რას მოიმოქმედებდა ოგრე ბოროტ დრაკონთან შებრძოლების, მშვენიერი პრინცესას გადარჩენისა და მისი სიძეების სამეფოს ზიანისგან გადარჩენის შემდეგ? ისე, თუ შრეკი ხარ, მაშინ, შენ თვითონ რომ არ შეამჩნიო, უცებ დაჯდები სახლში და დაიწყებ მშვიდობით ტკბობას ოჯახთან ერთად. იმის ნაცვლად, რომ დააშინოს სოფლის მოსახლეობა, როგორც ადრე, ახლა შრეკი, თუმცა უხალისოდ, თანახმაა დატოვოს ავტოგრაფები მათ ბუჩქებზე. და სად წავიდა ამ ოგრის ცნობილი ღრიალი? იმ დღეების მოგონებების სიმძიმის ქვეშ, როდესაც ის თავს "ნამდვილ ოგრედ" გრძნობდა, შრეკი ემორჩილება ტკბილი ხმით რუმპელშტილცკინის დარწმუნებას და დებს პაქტს მასთან...
პროფესიონალი ქურდი მაქსი თავს ანებებს კრიმინალურ ცხოვრებას და „ბოლო საქმის“ შემდეგ თავის მშვენიერ დამხმარე ლოლასთან ერთად ტროპიკულ კუნძულზე მიემგზავრება. მათი მომავალი უზრუნველყოფილია, ქურდების კარიერა კი წარსულშია... მაგრამ მის მტერს, ფედერალური ბიუროს ცბიერ აგენტ სტანს არ სჯერა მისი „პენსიაზე“ გასვლა და გადაწყვეტს შეამოწმოს, ერთგულია თუ არა იგი თავისი პირობის...