یک مامور به سیدنی فرستاده می شود تا ژن ویرایش شده یک بیماری بنام «چیمرا» را بیابد و نابود کند.
"توماس" و موتورش توسط یک موتور دیزلی تهدید میشوند؛ به طوری که حتی مسئول این قطار شگفتانگیز که همیشه میتوانسته بین دنیای قطارها و انسانها سفر کند، در حال از دست دادن قدرتش است ...