인간의 기억마저 AI에 의해 입력되고 삭제되는 세상, 진짜보다 더 진짜 같은 가상 현실 매트릭스. 그 속에서 진정한 현실을 인식할 수 없게 재배되는 인간들. 그 매트릭스를 빠져 나오면서 AI에게 가장 위험한 인물이 된 모피어스는 몇 안 되는 동료들과 함께 기계와의 전쟁 전후의의 폐허를 떠돌며 인류를 구할 마지막 영웅을 찾아 헤맨다. 마침내 모피어스는 낮에는 평범한 회사원 앤더슨으로, 밤에는 해커로 활동하는 청년 네오를 그로 지목한다. 모피어스의 지시대로 그를 만나게 된 네오는 두개의 알약 중 하나를 고르는 선택을 하게 되는데...

유능한 프로그래머 칼렙은 치열한 경쟁 끝에 인공지능 분야의 천재 개발자 네이든의 새로운 프로젝트에 참여하게 된다. 외부엔 알려지지 않은 그의 비밀 연구소로 초대받은 칼렙은 그 곳에서 네이든이 창조한 매혹적인 A.I. 에이바를 만나게 된다. 그녀의 인격과 감정이 진짜인지 아니면 프로그래밍 된 것인 지를 밝히는 테스트를 진행하지만. 점점 에이바도 그녀의 창조자 네이든도 그리고 자신의 존재조차 믿을 수 없게 되고 모든 것을 의심하게 되는데…

컴퓨터 광인 데이빗(매튜 브로데릭 분)은 새로 출시되는 컴퓨터 게임 프로그램을 해킹으로 입수하려다가, 우발적으로 엉뚱하게 노래드(NORAD: 북미방공사령부)에 설치된 주컴퓨터로 들어가, 그안에 내장된 전쟁 게임 프로그램과 연결된다. 데이빗은 멋도 모르고 게임의 컴퓨터인 조슈아(Joshua)와 '범인류적 핵전쟁 게임'을 했다가 부모에게 불려나가게 되자 컴퓨터를 끈다. 그러나 이 시각에 노래드본부 사령실 수정궁에서는 난리가 난다. 데이빗의 게임 장난이 노래드 사령실 스크린에 마치 실황인 것처럼 나타났다 사라진 것이다. 원래 죠슈아는 노래드에서 가상 3차대전을 대비해 만든 전쟁수행계획반응(WOPR: War Operation Plan Response)이라는 컴퓨터 계획의 일부로 스스로 학습하는 컴퓨터 프로그램이다. 데이빗은 당국에 추적되어 노래드로 압송돼 온다. 그곳 방에서 데이빗은 자기가 게임을 중단했음에도 불구하고, 상대방인 조슈아 전쟁 게임을 계속하고 있음을 발견하고 깜짝놀란다. 게다가 노래드가 이 상황을 오해하고 실전조치를 취할 것임을 깨닫고 조슈아를 중단시켜야 함을 외치지만 어른들은 조슈아를 간첩으로 단정한다. 데이빗은 간신이 노래드 사령실을 탈출, 친구 제니퍼와 함께 조슈아 프로그램을 만들어낸 휠큰 교수를 찾아가 조슈아를 중단 시키도록 설득한다. 휠큰은 현재 진행 중인 스크린상의 전쟁이 환상임을 알려주며, 실전적인 대응을 하지 말라고 하나, 컴퓨터는 이미 인간들의 지령 수용을 스스로 거부한채, 발사 태세에 들어가 미사일 발사 암호 탐색을 하게 된다.

시온이 컴퓨터 군단에게 장악될 위기에 처하면서, 네오는 자신의 능력에 대한 더 큰 통제력을 갖게 된다. 이제 몇 시간 후면 지구상에 남은 인류 최후의 보루인 시온이 인간 말살을 목적으로 프로그래밍 된 센티넬 무리에 의해 짓밟히게 될 터. 그러나 시온의 시민들은 오라클의 예언이 이루어져 전쟁이 끝날 것이라는 모피어스의 신념에 용기를 얻고, 네오에게 모든 희망과 기대를 걸어보기로 한다. 서로에 대한 사랑의 힘으로, 스스로에 대한 믿음으로 용기를 얻은 네오와 트리니티는 모피어스와 함께 인간을 억압하고 착취하는 시스템에 맞서기 위해 매트릭스로 돌아간다.

극지방의 해빙으로 인해 도시들이 물에 잠기고 지구상의 모든 천연자원이 고갈되어 가는 먼 미래. 인류의 과학문명은 천문학적인 속도로 발전하여 인공지능을 지닌 로봇을 개발하기에 이른다. 어느 날 하비 박사는 로봇공학 발전의 마지막 관문이자, 논란의 쟁점이 되고 있는 감정이 있는 로봇을 만들겠다고 공언한다. 그는 로봇회사인 사이버트로닉스사에서 감정을 지닌 최초의 인공지능 로봇 데이비드를 탄생시킨다. 데이비드는 사이버트로닉스사의 직원인 헨리 스윈튼과 모니카의 집에 실험 케이스로 입양되는데...

2035년, 인간은 지능을 갖춘 로봇에게 생활의 모든 편의를 제공받으며 편리하게 살아가게 된다. 인간의 안전을 최우선으로 하는 로봇 3원칙이 내장된 로봇은 인간을 위해 요리하고 아이들을 돌보며 없어서는 안될 신뢰 받는 동반자로 여겨진다. NS-4에 이어 더 높은 지능을 가진 로봇 NS-5의 출시를 하루 앞둔 어느 날, NS-5의 창시자인 래닝 박사가 의문의 죽음을 맞이한다. 그의 죽음을 둘러싼 수많은 추측이 난무한 가운데, 시카고 경찰 델 스프너는 자살이 아니라는데 확신을 갖고 조사에 착수한다. 끔찍한 사고 이후 로봇에 대한 적대감을 갖고 있던 그는 이 사건 역시 로봇과 관련이 있다고 믿고 숨은 음모를 파헤치는데...

포빈 박사는 적국의 대량 살상 무기 공격으로 부터 미국을 지켜줄 궁극의 슈퍼 컴퓨터 콜로서스를 개발하게 된다. 콜로서스는 적국의 공격에서도 살아 남을 수 있는 록키 산맥 안에 위치하고 인간들의 접근을 방지하기 위해 강한 방사능으로 둘러쳐지게 된다. 미 정부는 인간적인 감정이 없이 냉철하게 상황을 판단할 수 있다고 판단되는 이 슈퍼 컴퓨터에게 핵무기 사용 권리를 일임하게 된다. 적국의 일거수 일투족을 감시할 수 있는 이 컴퓨터의 개발에 사람들은 평화로운 미래를 보장 받는 듯하다. 그런데 갑자기 이 수퍼 컴퓨터가 인간의 통제를 벗어나기 시작한다.

진실을 찾는 여정에 한 걸음 더 접근하게 된 네오. 그러나 그 와중에 능력을 소진하고 매트릭스와 현실세계의 중간계를 떠돌게 된다. 한편 기계들이 인간말살을 목적으로 인류 최후의 보루 시온으로 침공해오자 인간들은 인류의 미래를 지키기 위해 필사적인 전투를 벌인다. 그러나 베인의 몸 속에 침투한 에이전트 스미스가 본 모습을 드러내면서 네오에게는 예기치 못한 변수가 생긴다. 매 순간 세력이 커져가면서 기계들의 통제권까지 벗어난 스미스는 현실 세계와 매트릭스는 물론 기계도시까지 말살할 야욕을 불태우고, 오라클은 네오에게 마지막 조언을 건네는데...

한 젊은 여자가 PSI 프로젝트에 포획된다. 완벽한 인공 지능을 개발하려는 위험한 욕망의 실험. 먹잇감이 된 그녀는 첨단 시스템을 갖춘 거대 감옥에서 탈출할 수 있을까?

22세기 중반, 인류는 본격적인 우주 식민지 개척에 나선다. 미지의 영역에 식민지를 건설하기에 앞서 불안정한 상태의 행성을 찾아내 파괴하려는 목적으로 정찰용 우주선이 파견되는데, '다크 스타'가 바로 그것이다. 우주선의 중앙 컴퓨터 오류로 잘못된 폭발 명령이 내려지자 조종사들은 폭탄에게 폭발 취소를 명하지만 폭탄은 "내가 존재하는 이유는 폭발하기 위해서"라며 카운트다운을 계속한다. 결국 미친 폭탄 하나가 우주선을 박살내는 것을 막기 위해 조종사 한 명이 폭탄에게 다가가 "이봐, 폭탄! 자네는 과연 존재의 진정한 의미를 알고 있나?"라며 현상학과 존재에 관한 철학 강의를 해준다. 물론 목적은 폭탄을 헷갈리게 만들어서 폭발 명령을 무시하도록 하는 것. 잠시 카운트다운을 중지하고 사색에 잠겼던 폭탄은 "태초의 어둠 속에 내가 있었노라"며 횡설수설하더니 "빛이 있으라!"고 말한 뒤 장렬하게 폭발하고 만다.

이성을 갖춘 컴퓨터 프로테우스가 결국 인간과 같이 자신의 2세를 만드는 이야기.

어느 날 나사(NASA)는 태양계 내에서 불가사의한 세 가지 패턴의 신호를 포착한다. 우주비행사 로저 넬슨은 나사와 국방부의 추천으로 미지의 신호를 보낸 송신기 정체를 알아오라는 임무를 맡게 된다. 넬슨 사령관은 탐사 기간 10년을 예상하며 아내 애비게일을 지구에 남겨두고 마젤란 호에 홀로 탑승한다. 토성, 트라이튼, 에리스에서 신호 송신기로 추정되는 구 형태의 물체를 채집하고 임무 완수의 기쁨을 누리고 지구로 돌아갈 일만 남은 마젤란 호와 넬슨 사령관. 광활한 우주의 세계에서 정체불명의 무수한 신호가 마젤란 호로 집중되며 마치 넬슨 사령관에게 더 깊은 곳으로의 탐사를 권하는 듯 보이는데....

서기 2070년, 인간들은 제 3차 대전으로 파괴된 지구 환경을 피해 지하에 대피해 살면서 사이보그를 만들어 어려운 일을 맡긴다. 사이보그 캐시와 그녀의 트레이닝 교사인 콜트는 미국 핀윌 로보틱스사의 직원으로, 첩보요원 캐시는 미모와 전사적 기질을 겸비하고 있으며 인간의 감정을 이용해 상대방을 녹이는 기술로 프로그램되어 있다. 그러나 캐시는 인간과 너무 흡사하게 만들어져 인간 콜트와 금기로 정해진 사랑에 빠지게 된다. 인간과 사랑하는 사이보그는 당장 해체당하는 것이 핀윌 로보틱스사의 법칙이다. 어느날 캐시에게 유리그림자라는 용액이 투사되는데, 이 용액은 핀윌사가 경쟁 회사인 일본 고바야시 전자회사를 파괴하기 위해 만들어진 폭발용액이다. 핀윌의 계획은 바로 사이보그 캐시가 경쟁 회사의 임원을 유혹하는 도중 폭파하여 상대방을 암살하는 것이다.