Em 2015, a humanidade enfrenta a maior ameaça já conhecida: seres misteriosos chamados Anjos que espalham o pânico e a destruição onde quer que apareçam. Ninguém conhece sua origem ou suas motivações. Para impedir essa ameaça mortal, as Nações Unidas encarregaram a organização secreta Nerv de criar andróides gigantes: os Evangelhos. Nova edição remasterizada com nova montagem que transmite a mais recente visão do diretor Hideaki Anno do primeiro filme de Evangelho. Esta nova montagem inclui algumas cenas redesenhadas, enquanto o segmento Rebirth foi removido da filmagem, permanentemente incorporado ao corte final de "O Fim do Evangelho" (The End of Evangelion).

Uma história de amor entre Yusaku Godai, um estudante indeciso que acaba morando em um apartamento em ruínas chamado “Ikkokukan”, e Kyoko Otonashi, uma jovem viúva que vem trabalhar como zeladora. Todos os residentes de Ikkokukan têm personalidades únicas, e Yusaku é incapaz de escapar do comportamento estranho e dessas estranhas personagens obstinados.