Harry aloittaa viidennen vuotensa Tylypahkan velhokoulussa. Hän saa tietää, että velhoyhteisössä kielletään laajalti Harryn äskettäinen kohtaaminen häijyn Lordi Voldemortin kanssa – he sulkevat mieluummin silmänsä totuudelta kuin uskovat uutisia Voldemortin paluusta. Taikaministeri Cornelius Toffee pelkää, että Tylypahkan kunnianarvoinen rehtori Albus Dumbledore valehtelee Voldemortin paluusta heikentääkseen Toffeen arvovaltaa ja kaapatakseen itselleen tämän viran. Niinpä Toffee nimittää kouluun uuden pimeyden voimilta suojautumisen opettajan pitämään silmällä Dumbledorea ja Tylypahkan oppilaita. Mutta professori Dolores Pimenton ministeriön hyväksymät oppitunnit jättävät nuoret velhot toivottoman aseettomiksi pimeyden voimia vastaan, mikä saattaa heidät ja koko velhoyhteisön vaaraan.
PlayStation® -pelin suosittua tarinaa jatkavassa FINAL FANTASY VII -elokuvassa on kulunut kaksi vuotta Midgarin – saavutetun rauhan uhrausten muistomerkin – raunioitumisesta. Maailma kohtaa kuitenkin pian uuden uhan. Salaperäinen sairaus alkaa levitä nopeasti. Vanhat viholliset lähtevät liikkeelle. Sankariutta erakkoelämään paenneen Cloudin on astuttava taas esiin...