ריקו, רג ונאנאצ'י ממשיכים בדרכם אל מעמקי התהום כדי להמשיך בהרפתקתם. יעדם הבא הוא מקום הנקרא "חזית אידו", מבצר שמכיל את הדרך היחידה אל השכבה השישית והצלילה האחרונה, והמקום בו מיטי ונאנאצ'י עברו זוועות. בידיעה מלאה ששליט המקום, בונדורדו, לא יתן להם לעבור בקלות, החבורה מגיעה מוכנה לעימות. אך מעבר לכך שמסתבר שמכשול גדול אפילו יותר מבונדורדו עומד בדרכם אל השכבה השישית, החבורה פוגשת בנוסף את בתו של בונדורדו, נערה אנרגטית וחברותית בשם פרושקה, שלא ברור מה מטרותיה.
אי שם במעבדה סודית, מנסה חבורת מדענים ליצור מחומר גנטי שהופק משערה מאובנת של מיו, את הפוקימון האגדי, החזק מכולם מיוטו.אלא הדברים מסתבכים, ובמקום הפוקימון המופלא נוצרת מפלצת הנשבעת לנקום בעולם.כך מוצאים את עצמם אש וחבריו, מעורבים בסידרת הקרבות העולמיים, בהשתתפות חבורה של מאמנים, כל אחד מהם רוצה להיות מאסטר פוקימון.
הסיפור מתרחש בשנת 2016, בסופו של עידן בו הקסם עדיין בעל השפעה חזקה בעולם. ארגון הבטחון וההשרדות של האנושות קאלדאה הוקם על מנת להתבונן על העולם שניתן לראותו רק באמצעות קסם ועל העולם שניתן לראותו רק באמצעות מדע, וכמו כן למנוע את ההכחדה הסופית של המין האנושי. הודות למאמציהם של חוקרים רבים, הדרך של ההיסטוריה האנושית כבר הובטחה עבור 100 שנים אל תוך העתיד. עם זאת, ללא כל אזהרה מוקדמת, מרחב העתיד שהיה תחת מעקב מתמיד של קאלדאה נעלם. האפשרות להכחדה של המין האנושי בשנת 2017 נצפתה בתור: "לא מאושר". הגורם לכאורה של ההכחדה הייתה בעיר היפנית פויוקי בשנת 2004. בעיר הזאת, הופיעה "יחידה מרחבית שלא נצפתה" שלא היתה ולא נבראה עד עכשיו. קאלדאה נתנה את הצו הגדול עבור "משלחת הגביע הקדוש", על מנת לחקור, לחשוף ואולי גם להרוס את היחידות המרביותשכנראה יגרמו להכחדה של המין האנושי.
בלתזאר בלייק הוא מכשף רב עוצמה במנהטן של ימינו, המנסה להגן על העיר מפני אויבו המושבע, המכשף הרשע מקסים הורבאת'. בלתזאר אינו יכול להביס את הרובאת' לבדו, והוא מגייס את דייב סטאטלר כשולייה. למרות שדייב אינו שש לקבל על עצמו את התפקיד, בלתזאר אינו מוכן לקבל 'לא' כתשובה, שכן הוא רואה בצעיר פוטנציאל רב בתחום הכשפים. המכשף מעביר את שולייתו החדשה קורס מזורז באמנות הכישוף, ויחד, הזוג המוזר מאחד כוחות כנגד אחד הנבלים האכזריים ביותר בכל הזמנים. דייב יאלץ לגייס את כל האומץ שיוכל למצוא בתוכו כדי לשרוד את האימון המפרך, להציל את העיר ולהשיג את הנערה בעודו הופך ל-"שוליית המכשף".