브루스 웨인이 배트맨으로 활약하던 시대로부터 40여 년 이후의 미래. 브루스 웨인은 배트맨 자리에서 은퇴하고, 고담 시는 조커 일당이 장악하고 있다. 살해당한 아버지의 원수를 갚기 위해 배트맨이 되기로 결심한 10대 소년 테리는 아직 어리지만 남다른 비범함으로 브루스의 개인 비서 역할을 하면서, 밤에는 새로운 배트맨으로 고담 시를 지키기 위해 바쁘게 살아간다. 그러던 어느 날, 테리는 조커 일당이 훔치려던 기계를 훔쳐 가지 못하게 막아내고 그들과 치열한 싸움을 벌인다. 테리는 이런 조커즈 갱단의 행동을 의심스러워하면서 브루스에게 물어보지만, 답을 얻어 내지는 못한다. 한동안 웨인 기업의 경영에서 손을 뗐던 브루스는 오랜만에 최고경영자 자리에 복귀하기로 결정하고 성대한 기념식을 개최하지만, 그 기념식장을 조커 일당이 습격해 온다. 그런데 조커즈 일당들을 지휘하는 인물은, 스스로를 40여 년 전에 죽었던 전설적인 악당 조커라고 칭하는데...

지금으로부터 45년 전, 그 남자는 악의 비밀결사 쇼커에 의해 개조 인간이 되었다. 그날 이래로 인간의 자유를 지키기 위해 그 남자는 계속 싸우고 있었다. 그의 이름은 혼고 타케시. 이 세상에 탄생한 최초의 가면라이더이다. 오랫동안 해외에서 악과 싸워온 타케시는 한 소녀의 위기를 알고 급히 귀국한다. 소녀[3]의 존재는 과거의 최고 간부 지옥 대사를 부활시키기 위해 불가결한 것이었다. 타케시는 가면라이더 고스트 = 텐쿠지 타케루와 그 동료들과 만나 쇼커가 소녀를 노리는 이유를 찾고 있었다. 한편, 너무나도 가혹한 나날을 보내왔던 타케시의 육체는 이미 한계에 다다른 것이었다......[4] 소녀의 위기, 그리고 새로운 조직 ・ 노바 쇼커가 불러온 일본 최대의 위기에 전설의 전사 혼고 타케시가 「변신」한다. 싸움을 계속 해 온 타케시를 기다리고 있는 것은 안식인가, 아니면...

러시아로 출장와 철강업체에서 근무하는 카일은 오랜만에 자신의 아내 그레이와 함께 휴가를 떠나기로 약속한다. 그러나 바로 그날, 아내는 누군가에게 잔인하게 살해 당하고, 아내의 죽음을 목격한 카일은 현장에서 범인의 뒷모습을 목격하고 그를 뒤쫓는다. 그러나 추격 중이던 카일은 경찰로부터 범인으로 오해 받아 체포되고, 진범과 함께 경찰서로 연행되지만 부유층 집안의 아들인 범인은 뇌물을 써서 무죄로 석방된다. 이에 분노한 카일은 법정에서 총으로 범인을 살해하고, 그 자리에서 체포되어 악명 높은 ‘크라바비’ 교도소로 이송된다. 죄수들의 기본적인 인권마저 무시하는 교도관들과 각종 흉악범들로 가득한 지옥과 다름없는 ‘크라바비’ 교도소. 이곳에서는 비밀리에 맨주먹으로 상대방이 쓰러질 때까지 싸워야 하는 ‘스파르카’라는 잔인한 경기가 벌어지고 있다. 미국인이라는 이유로 동료 죄수들과 잦은 충돌을 일으키던 카일은 교도소장으로부터 ‘스파르카’에 출전하라는 압력을 받기에 이르는데...

외계인의 DNA를 이용해 미란다를 만들어낸 홀랜더 박사는 그 영향을 최소화할 방법을 찾기 위해 그녀를 데리고 멕시코로 향한다. 그러나 그 시도는 실패하고 미란다 안에 있던 외계인의 본성을 깨우고 만다. 그녀는 번식을 위한 상대를 찾기 위해 살육도 마다하지 않는데...

지구의 자전이 서서히 멈추면서 아무 이유도 없이 선택받은 자들은 마야 문명의 고대 유적지에 모이게 된다. 그리고 지구가 멸망하기 직전에 새로운 아기가 태어나면서 지구가 다시 살아난다.