Wojna na Ziemi dobiega końca. Ziemskie siły przygotowują się do ostatecznej walki, która tym razem rozegrać się na na ziemiach należących do wroga. Amuro Ray, obecnie weteran jeszcze raz siada za sterami mecha i podejmuje kolejną walkę w swoim życiu, tym razem ma nadzieję, że będzie to już ostatnia bitwa.

Statek federacji z prototypem nowego modelu "mobile suite'a" bezpiecznie dotarł na Ziemię. Niestety, po wylądowaniu okazuje się, że znalazł się w samym centrum wrogiego terytorium. Amuro Ray ponownie zmuszony zostaje do podjęcia walki z wrogiem. Tym razem jego przeciwnikiem będą nie tylko secesjoniści, ale również własne przerażenie i strach.

W 2045 roku Motoko Kusanagi i Sekcja 9 powracają, aby stawić czoła nowemu zagrożeniu, w pełnometrażowej wersji pierwszego sezonu „SAC_2045”.

Przyszłość, w systemie słonecznym wybucha wojna, w której walczą ze sobą Ziemianie i koloniści. Zaledwie po tygodniu walk ginie połowa ludzkości. Jedyna szansa na ocalenie Ziemi przed podbiciem tkwi w tajnym projekcie V, który realizowany jest w bazie w kolonii Side 7. Naukowcy tam zgromadzeni pracują nad zbudowaniem olbrzymiego mecha, tytułowego Gundama. Niestety, ich prace zostają przerwane nagłym atakiem secesjonistów. Syn głównego inżyniera - 15-letni Amuro Ray chowa się przed ostrzałem wewnątrz mecha. Nieopatrznie wprawa całą machinerię w ruch i podejmuje walkę z wrogami...