Pyhäinpäivä on ninjan vuotuisia lempipyhiä. Mutta kun synkkä juoni uhkaa koko NINJAGO-maailmaa, Cole ja ninjatiimi päätyvät taisteluun vastassaan arkkivihollistensa armeija ja salaperäinen Mestari Yang. NINJAGO-sankareille on tiedossa kepposia ilman karkkia, sillä jos tätä taistelu hävitään… he saattavat itsekin päätyä “poistuneiden” joukkoon! Toiminta, seikkailu ja mysteeri tihentyvät jännittävään päätökseen, joka muuttaa ninjojen elämän ikiajoiksi!
Vaarallinen terroristi "The Cobra" (Marjoe Gortner) on myrkyttänyt Sean Davidsonin kuolettavalla viruksella, jota käytetään biologisen sodankäynnin tutkimuksessa. Seanille ja hänen aisapareillensa Curtis Jacksonille (Steve James) ja Dexterille (Evan J. Klisser) ei jää muuta mahdollisuutta kuin kohdata Cobra ja geenimuunneltu kloonininja-armeija, jota johtaa naisninjatar Chan Lee (Michele B. Chan).