توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
هیولاها تصمیم می‌گیرند برای تامین برق موردنیاز شهر، کودکان را بترسانند و از صدای جیغ آنها برق تولید کنند. هیولاها از برخورد با کودکان وحشت دارند، اما یک روز به طور اتفاقی یکی از کودکان وارد دنیای هیولاها می‌شود و...
شرک غولی است که در یک جنگل سرسبز در آرامش و سکوت زندگی می‌کند، تا اینکه مأموران پادشاه به منطقه‌ای نزدیک او می‌آیند و از مردم چیزهای عجیبشان می‌خواهند، پیرزنی الاغش را می‌دهد و ادعا می‌کند ...
در زندانی مجهز که در یک آزمایشگاه پژوهشی ساخته شده، ۲۰ مرد را در برابر دستمزدی ۴۰۰۰ مارکی گرد هم می آورند تا ۱۲ تن از آنها نقش زندانی و ۸ نفر دیگر نقش زندان بان را ایفا کنند. زندانی ها به سلول هایشان هدایت می شوند و باید به مقررات زندان گردن نهند و نگهبانان نیز به وظایف خود (بدون اعمال خشونت) عمل کنند.
شرک و فیونا به فارفاراوی می‌روند تا خبر خوشحال کننده‌ی ازدواج شان را به پدر و مادر فیونا که شاه و ملکه‌ی آن سرزمین بودند بدهند. اما وقتی همه می‌فهمند که فیونا با یک دیو ازدواج کرده است بسیار ناراحت می‌شوند. در این میان پرنس چارمنیگ که قرار بود طلسم فیونا را بشکند بیش از همه ناراحت می‌شود. درنتیجه گربه چکمه پوش را استخدام می‌کنند تا شرک را از بین ببرد ولی…
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
«ویکتور» کشته شده است و «سلن» که تخصص اش کشتن گرگینه هاست و کینه عمیقی از آنها به دل دارد، بهمراه «مایکل» که یک موجود چند نژادی است در فرار از دست خون آشامان هستند. از سوی دیگر تنها فرمانروای خون آشام ها، «مارکوس»، که اکنون از خواب برخواسته و تبدیل به یک هیولای قدرتمند شده و ...