העלילה מתחילה בקפיצת זמן של בערך 20 שנה לאחר תום אירועי הסדרה המקורית. נארוטו, שהגשים את חלומו להיות שליט הכפר שלו, הוא אב לשני ילדים כאשר הבכור מביניהם הוא בורוטו. העלילה מתמקדת ביחסים שבין נארוטו לבין בורוטו. בנוסף, בורוטו משתתף בבחינות צ'ונין ובו בורטו נלחם נגד שיקאדאי, בנו של שיקאמארו. וביחד, קבוצת 7 החדשה מנסים לעבור את הבחינות. אך בדרכם עומדים נינג'ות עם ריננגאן בידיים ומנסים לעצור אותם. כל חמשת הקאגה נלחמים ומה עולה בגורלם של נארוטו וסאסקה?
הגנינים מחליטים לצאת לחופשה - הם מגיעים לאי מסוים, עושים על האש, ונהנים. אך לפתע מתגלה לפני נארוטו כד ושם נמצא ג'יני, הג'יני נותן להם 3 משאלות. מה הם יעשו עם המשאלות?
שנתיים לאחר מלחמת השינובים הגדולה הרביעית, נארוטו נעשה הגיבור של העולם וזוכה לכבוד רב. בינתיים, איש בשם טונרי אוטסוטסקי, גורם לירח לנוע לכיוון כדור הארץ. נארוטו מגלה רגישות יתר כלפי חבריו והם מנסים לעצור את טונרי ואת הירח לפני שיהיה מאוחר מדי.
כאשר נארוטו וסאקורה מסתובבים יחדיו ברחבי הכפר הם מגיעים לפארק השעשועים ושם מחכה להם טובי, נארוטו מזנק עליו עם הראסנגאן, סאקורה עם הבעיטה שלה, שניהם מחטיאים ולא פוגעים בו. טובי מפעיל עליהם סוג של גנג'וטסו מיוחד ששולח אותם ליקום מקביל. נארוטו וסאקורה מתעוררים באותו מקום שבו הם ראו את טובי אך הם מגלים שחבריהם לא יודעים מיהו, ומגלים שחבריהם השתנו בצורה מוזרה, והם בורחים על מנת לנסות להבין מה מתרחש. ביקום זה הוריה של סאקורה מתו כאשר הגנו על הכפר, והוריו של נארוטו, מינאטו וקושינה בחיים! האם נארוטו וסאקורה יצליחו להתמודד עם המצב? האם האם יחזרו לעולמם המקורי? האם הם יצטרכו לחיות שם? האם טובי ישיג שליטה על הקיובי? כל זה בסרט!
מוריו, שנשמתו הוחזרה לעולם על ידי יומי ואנשיו, הוא שד בעל עוצמה אדירה המתכנן להשיג את גופו ולהשתלט על העולם על מנת ליצור את ממלכת 1,000 שנים. כעת רוק לי, היוגה נג'י, הארונו סאקורה ואוזומקי נארוטו נושאים את עול הישרדות העולם על כתפיהם במשימתם להגן על הכוהנת הגדולה של מדינת השדים, היחידה שיכולה לחתום את מוריו בשנית. בנוסף למוריו, על נארוטו להלחם בגורל, משום שהכוהנת הגדולה, שכל חזיונותיה התגשמו, חזתה את מותו!
ב-5 אומות הנינג'ה הגדולות ביותר שבן נמצאים כפרי הנינג'ות הגדולים ביותר שהם כפר הענן הנסתר, כפר הערפל הנסתר, כפר החול הנסתר וכפר הסלע הנסתר נעלמים שינובים בעלי קקאי גנקאי, והמדינות מאשימות בכך את קונוהא, ומלחמת עולם רביעית עומדת להתפרץ. אבל מסתבר שהאשם האמיתי הוא הירוקו, שינובי עריק וחבר לשעבר של 3 הסאנינים האגדיים, שבוכה שהוא לא מיוחד ולא חזק כמוהם. אז הוא פיתח טכניקה שמאפשרת לו לגנוב יכולות תורשתיות וצ'אקרה מאחרים, וביחד עם שלושת אנשיו, הוא מחליט לגנוב את הקקאי גנקאי מרחבי כל העולם כדי להפוך לבן אלמוות בלתי מנוצח, לפתוח במלחמת עולם ולכבוש את העולם, כעת חסר לו רק טכניקה תורשתית אחת אחרונה, הירוקו מודע איזו טכניקה הוא רוצה לקחת ונארוטו ימנע בכל מחיר, אפילו להפר את פקודות הכפר!
אחרי משחק מחבואים מלהיב עם קונוהמורו, נארוטו והחבורה יוצאים למשימה הבאה שלהם. משימתם היא ללוות את השחקנית היפה והמאוד אנוכית, פוג'ימי יוקיהימה להר מרוחק שבו מצולם המשך של הסרט שהיה להיט בקיץ שעבר. בהגעתם, רוחות מנסות להפחיד אותם ולהבריח את כולם מסט הצילום. כולם מבולבלים ולא מבינים למה הרוחות רוצות לפגוע בצילומי הסרט. יוקיהימה אומרת שהיא לא יכולה להמשיך בצילומים ובורחת מסט הצילום. נארוטו וחבורתו נשבעים להחזיר את יוקיהימה ויוצאים לחפשה, אך בדרך הם נתקלים בשלוש נינג'ות חזקות שלובשות שריון מיוחד. הם מיד תוקפים את יוקיהימה ונאורטו יוצא להגנתה למרות שהסיכויים לנצח הם קלושים.
קבוצה מסתורית של נינג'ות מכינה מתקפת הפתעה על הקונוהא, ונגרם נזק רב. חלום הבלהות על מלחמת השינובים הרביעית עלולה להפוך למציאות. כעת אוזומאקי נארוטו, הארונו סאקורה והיוגה הינאטה יוצאים ביחד להגן על אחד מטובי הרופאים שהציל חיים רבים בקונוהא על מנת ללוותו לעיר אחרת שזקוקים לו שם, משם העניינים מסתבכים יותר ויותר ומלחמת שינובים רביעית נראית קרובה יותר מאי פעם. אבל גיבור חדש מופיע כולנו מכירים אותו והוא סאסקה. סאסקה, שעזב את קונוהא כדי להרוג את אחיו איטאצ'י, מופיע בפעם השניה בפני נארוטו במיקום לא ידוע, כעת נארוטו וסאסקה עובדים ביחד על מנת לעצור אויב משותף, ובעזרת נחישותו של נארוטו נלחמים באומץ רב!
נארוטו מואשם בתקיפה על כפר הענן הנסתר, ניסיון התנקשות בראיקאגה ורצח של מספר שינובים. נארוטו נשלח למתקן כליאה ששם נחתמים כוחותיו וילקחו ממנו. נארוטו מנסה לברוח ולהוכיח את חפותו ומנסה להציל את המצב.
אוזומאקי נארוטו, יחד עם האטאקה קאקשי, הארונו סאקורה ורוק לי מוצמדים למשימה להגן על נסיך ארץ הירח, מיצ'ירו ובנו היקארו במהלך טיולם בעולם. הנסיך עשיר, ולכן קונה כל מה שרוצה. אך אף אחד לא היה חושב שהטיול יכול להתדרדר כל כך. כאשר השיירה מגיעה חזרה לארמון של ארץ הירח, מתברר שהתחוללה מהפכה ושאחד האצילים בגד בו וניסה להרגו בעזרת חבורת נינג'ות מוכשרות שמתבררים להיות חזקים משנראים!
נארוטו מקבל משימה ללכוד את מוקאדה, נינג'ה עריק, נארוטו יוצא אל החורבות ההיסטורית המפוארת של פעם רוראן כדי לחקור. לאחר מרדף, המטרה של מוקאדה מתגלה להיות הריומאקו הרדום בהריסות כאשר נארוטו מתעורר, משהו בלתי צפוי קורה נארוטו מתעורר בעיר עם בניינים גבוהים והוא אינו מודע היכן הוא, כאשר יוצא החוצה הוא מותקף על ידי לוחמים מסתורים ואז… מספר נינג'ות מקונוהא מצילים אותו, לאחר מספר זמן מתגלה שאחד מהנינג'ות שהצילו את נארוטו הוא לא אחר מההוקאגה הרביעי, מינאטו נאמיקאזה. הפעם, נארוטו מאחד כוחות עם ההוקאגה הרביעי נגד מוקאדה והריומאקו.
נארוטו, מלווה בחבריו נארה שיקאמארו והארונו סאקורה מכפר העלה, וגארה וקאנקורו מכפר החול, יצא להרפתקה מסוכנת במבצר נע, שבתוכו נמצאות חורבות היסטוריות שממוקמות במעמקי כדור הארץ.