Vuosi 2029 - naiskyborgi ja valtion agentti, majuri Motoko Kusanagi ja Sisäisen Tutkinnan Virasto ovat päässeet mystisen tietokoneviruksen, "Nukkemestarin" jäljille. Erityisen uhkaavan viruksesta tekee se, että se on kykenevä imeytymään ihmiseen ja käyttämään häntä isäntänään! Yhdessä osasto 9:n kollegojen kanssa Motoko aloittaa huipputeknologisen kilpajuoksun aikaa vastaan, tavoitteenaan vangita tämä kaikkialla läsnäoleva entiteetti.

Eletään vuotta 1757. Englantilaiset ja ranskalaiset käyvät veristä taisteluaan uuden mantereen hallinnasta jo kolmatta vuotta. Sota on imaissut syövereihinsä kaikki lähiseutujen asukkaat ja sattumalta myös kolme viimeistä lähialueiden mohikaaniheimon edustajaa tempaistaan tapahtumiin mukaan.