Sabe-se que as cartas Clow foram criadas usando-se magia ocidental e oriental, mas uma Lei Oriental vital não foi totalmente observada, até agora… E ela foi libertada. Kinomoto Sakura, a nova Mestre das Cartas, sente uma presença estranha, mas não sabe o que pode ser, já que todas as cartas foram capturadas e transformadas em Cartas Sakura. Mas estranhos acontecimentos vêm ocorrendo com uma frequência cada vez maior e ela resolve verificar, mas as cartas estão sendo levadas pela presença: uma Carta Clow sem nome, tão poderosa quanto as outras 52 Cartas Sakura, a carta que equilibra a balança da magia usada por Clow, a representação do Yin (escuridão) e do Yang (luz).

Ao descobrir que a humanidade corre risco de extinção, um novo recruta da Organização de Segurança Chaldea volta atrás no tempo para salvar o futuro.

Nas sombras do mundo da medicina, existe um cirurgião sem licença Black Jack. Ele é conhecido por ser um milagreiro apesar de ser médico. Mas na verdade, não é bem assim. Ao invés de ser limitado pela burocracia, ele largou a vida na medicina para curar qualquer um usando o máximo das suas capacidades.

Ano 3394. O sistema solar foi destruído há muito tempo por uma estranha raça alienígena chamada Gauna. Agora os humanos mal conseguem manter a população nas suas naves de sementes - aquelas que eles também usaram para escapar há mil anos. Depois de vários anos à deriva pelo espaço, Sidonia, uma nave semeadora com uma população de mais de 500.000 pessoas, é mais uma vez ameaçada por Gauna. Siga Tanikaze Nagate, um jovem misterioso dos cantos mais profundos do navio, e seus amigos enquanto eles tentam contra-atacar essas criaturas gigantescas e ao mesmo tempo aprender o que elas realmente são para o bem da sobrevivência da humanidade.

Kris foi criada como órfã e sempre quis conhecer o seu passado familiar. Para sua surpresa, descobre ser a herdeira de uma grande casa colonial, aonde se dirige com alguns amigos. O que encontra é decepcionante: uma casa abandonada, vazia, desagradável e assustadora, mas o grupo vai ficando, e conhece o historiador local, que lhes dá mais informações. Também vai conhecer um arquitecto sombrio, que poucos sabem que tem uma agenda própria: na verdade, ele é um feiticeiro imortal, há séculos preso na casa e decidido a vingar-se da família de Kris.