სამი წელი გავიდა მას შემდეგ რაც მან უფლის აღთქმის კიდობანი დაიბრუნა. ახლა ჯონსმა დაიბრუნა ექსპონატი, რომელიც მან ბავშვობაში განძის მაძიებლებისგან მოიპოვა: ფრანცისკო დე კორონადოს ჯვარი. ჯონსი შეიტყობს სხვა არტეფაქტის- "წმინდა გრაალის" ისტორიას. ინდიანა გაიგებს, რომ მამამისი ჰენრი ჯონსი, რომელიც წმინდა გრაალს ეძებს, დაიკარგა.
ორ მებრძოლს, რომლებიც მოპარულ ხმალს და სახელგანთქმულ, გაქცეულ ადამიანს დაეძებენ,კვალი დიდგვაროვანის იმპულსურ, ფიზიკურად გაწვრთნილ ახალგაზრდა ქალიშვილთან მიიყვანს, რომელიც თავისი ცხოვრების გზის გასაყარზე იმყოფება.
ფილმის მთავარი გმირი მისიე დიუშმენია – რესტორნების ყოველწლიური გიდი-სახელმძღვანელოს რესპექტაბელური ავტორი. მისი წიგნი პარიზსა და მის შემოგარენში მაღალი რეიტინგით სარგებლობს და ყველა მის ფურცლებზე მოხვედრას ცდილობს.
მოქმედება მიმდინარეობს თანამედროვე ამერიკაში. კაპიტანმა კაუჭამ მოიტაცა ბავშვები გოგონა და ბიჭი, ბავშვები მისი ძველი მტრის პიტერ პენის შვილები არიან. პიტერი გაიზარდა და ახლა უკვე პიტერ ბენინგომია და ისე დაკავებულია თავისი ბიზნესით, რომ საერთოდ დრო არ რჩება საკუთარი ბავშვებისათვის. მას საერთოდ დავიწყებული აქვს, რომ ბავშვობაში ის პიტერ პენი იყო. შვილების დასაბრუნებლად კი ყველაფერი უნდა გაიხსენოს.
1958 წელი. მიმდინარეობს ცივი ომი. საბჭოთა ჯარისკაცებმა, რომლებსაც აგენტი ირინა სპალკო მეთაურობს, ინდიანა ჯონსის ძველი შეყვარებული - მერიონ რეივენვუდი გაიტაცეს. მათ პროფესორი არჩევანის წინაშე დააყენეს: უმოქმედობა და მერიონის სიკვდილი ან საბჭოთა დაზვერვასთან თანამშრომლობა - მერიონის თავისუფლების სანაცვლოდ.