미국 기자 스티브 마틴이 일본 연안에서 발생한 일련의 미스터리한 재해를 조사하던 중, 도쿄를 잿더미로 만들 수 있을 만큼 강력하고 무시무시한 고대 생물체를 마주하게 된다. 핵무기 실험으로 이 쥐라기 시대의 유물이 되살아났고, 이제 그것이 일본 전역을 휩쓸고 있다. 밤이 되면 고질라가 도쿄를 휘젓고 지나가며 죽음과 파괴를 남기고, 분노가 가라앉으면 도쿄만으로 사라진다. 고질라를 상대할 수 있는 전통무기는 없지만, 세리자와 박사가 도쿄만의 모든 생명체를 포함해 고질라를 파괴할 수 있는 무기를 발견했다. 하지만 어느 재앙이 더 큰 것일까? 고질라의 분노인가, 아니면 도쿄만의 죽음인가?

2차 세계 대전이 한창이던 무렵. 연합군이 북아프리카에서 독일군을 몰아내기 위해 대규모 공격을 준비하는 동안 독일군은 막강한 신무기를 동원해 연합군을 쓸어버린다. 독일군의 무기는 바로 불을 뿜는 거대한 크기의 드래곤! 하늘을 자유자재로 날아다니며 무자비한 공격을 퍼붓는 드래곤 무리의 앞에 연합군 전투기들은 속절없이 당하고, 최정예 조종사들로 이루어진 '유령 편대' 또한 수많은 드래곤과 맞서기 위해 고군분투하다가 대원 일부를 잃는 아픔을 겪는다. 한편, 길들인 드래곤을 이용해 전쟁의 승기를 잡아 가던 독일군의 장군은 드래곤의 정체에 얽힌 끔찍하고도 믿을 수 없는 비밀을 알게 되는데...