멀지 않은 미래. 끝없이 이어진 터널로 가득한 지하세계에 살고 있는 ‘파테마’는 족장의 딸이자 호기심 많은 14살 소녀이다. 보지 못했던 세계를 경험하고 싶은 ‘파테마’는 어느 날 접근금지지역을 탐사하던 중 공중에 떠다니는 작은 물체들과 이상한 빛으로 가득 차 있는 공간을 발견한다. 그 곳을 살피던 ‘파테마’는 천정에 서 있는 누군가에 놀라 터널 아래로 떨어지면서 중력이 반대로 되어 있는 또 다른 지상세계로 나오게 된다. ‘파테마’는 지상세계에 살고 있던 소년 ‘에이지’와 마주치게 되고, 묘한 공감을 느끼면서 곧 친해진다. 한편, ‘에이지’가 살고 있는 지상세계를 독재하고 있는 ‘이자무라’의 일당은 지하세계에서 온 ‘파테마’를 쫓고, ‘파테마’와 ‘에이지’는 그를 피해 달아나던 중 두 개의 세계에 얽힌 놀라운 비밀과 맞닥뜨리게 되는데…

모든 사람들은 하루는 24시간이라고 생각한다. 그러나 현실은 다르다. 세상에는 1일과 1일 사이에 숨겨진 시간 '쉐도 타임'이라는 것이 존재한다. 거리는 모든 움직임을 멈추고 거리의 사람들은 관으로 모습을 바꾼다. 그리고 그런 거리에는 알 수 없는 괴물 통칭 '쉐도우'라고 불리는 것들이 돌아다닌다. 이런 괴물에 대항 가능한 자는 오직 '페르소나'라는 특수한 힘을 가진 자들 뿐이다. 사립 월광관 학원에 전학온 유키 마코토는 자신의 페르소나를 각성하여 같은 페르소나 소유자들과 함께 특별과외활동부에 소속된다. 이들은 각자의 목적을 위해 쉐도 타임의 진상을 쫒고 있는데, 과연 이 곳에서 마코토가 만나게 되는 운명은.....