Στην Κίνα του 19ου αιώνα, ο πολεμιστής Λι Μου Μπάι, κρυφά ερωτευμένος με την αρραβωνιαστικιά ενός νεκρού φίλου του, αναζητά το δράστη της κλοπής ενός μυθικού σπαθιού. Οι υποψίες του στρέφονται στην κόρη του κυβερνήτη, η οποία, θέλοντας να ξεφύγει από τη μοίρα της, έχει εκπαιδευτεί κρυφά στα μυστικά των πολεμικών τεχνών των Σαολίν.

1988, η Νέα Υόρκη έχει μετατραπεί σε μια τεράστια φυλακή, όπου οι εγκληματίες αφήνονται να επιβιώσουν με όποιο τρόπο μπορούν. 1997, ο πρόεδρος των ΗΠΑ, μετά από μια αεροπειρατεία στο προεδρικό αεροσκάφος, καταλήγει αιχμάλωτος στην Νέα Υόρκη. Σε έναν νεοεισαχθέντα κατάδικο, προσφέρεται αμνηστία με την προϋπόθεση να τον σώσει εντός 24ώρου.

Κατά τη διάρκεια της Κινέζικης δυναστείας των Τανγκ, ο αυτοκράτορας έχει πάρει ως σύζυγο την πριγκίπισσα μιας γειτονικής επαρχίας. Του έδωσε δύο γιούς και μεγάλωσε τον μεγαλύτερο γιο που είχε ήδη. Τώρα ο έλεγχος που ασκεί στο βασίλειό του είναι ολοκληρωτικός, συμπεριλαμβανομένης και της βασιλικής οικογένειας.

Όταν ποσότητες ραδιενεργών αποβλήτων έρχονται σε επαφή με τέσσερα χελωνάκια κι έναν αρουραίο στους σκοτεινούς υπονόμους της Νέας Υόρκης, η χημική αντίδραση που δημιουργείται προκαλεί κάτι αδιανόητο. Ο αρουραίος είναι πλέον ο σοφός δάσκαλος Σπλίντερ και οι χελώνες… χελωνονιντζάκια! Ο Ραφαέλ, ο Μικαλάντζελο, ο Ντονατέλο κι ο Λεονάρντο είναι άσοι στο να τρώνε πίτσα και να καταπολεμούν το έγκλημα με τις γνώσεις τους πάνω στις πολεμικές τέχνες. Ο εχθρός ονομάζεται Σρέντερ και η επιθυμία του να κατακτήσει τον κόσμο μπορεί να βρει κόντρα μονάχα από τους τέσσερις ήρωες.

Οι Χελώνες και ο Σρέντερ μάχονται για άλλη μια φορά, αυτή τη φορά για το τελευταίο δοχείο της λάσπης που δημιούργησε τις Χελώνες, το οποίο ο Σρέντερ θέλει να δημιουργήσει έναν στρατό νέων μεταλλαγμένων.

Μια παρέα φοιτητών που κατά την εκδρομή τους στην ύπαιθρο στο πλαίσιομια φωτογράφισης πέφτουν θύματα μεταλλαγμένων και παραμορφωμένωνμανιακών που διψούν για αίμα. Ένας όμως από την παρέα που δεναιχμαλωτίζεται από τους μανιακούς σχεδιάζει να εκδικηθεί και να σώσειτην κοπέλα του από τα νύχια των μεταλλαγμένων.