양치기 고아출신인 마호메트는 나이 40에 이르러 어느날 갑자기 산속으로 들어갔다가 사흘만에 내려온 후 신은 한명뿐이며 그가 바로 하나님이고, 자신은 하나님의 사자라고 주장한다. 서기 7세기인 당시의 메카는 거상들의 중심이 되어 3백여개의 우상을 섬기며 도시를 다스리고 있었으나 마호메트의 주장은 엄청난 충격이었다. 거상들은 당연히 마호메트와 그 추종자들을 박해했고 이들은 숨어서 전도를 하다가 끝내 견디지 못하고 메디나로 쫓겨난다. 마호메트의 교리에 끌려 합류하는 사람이 늘어나자 불안을 느낀 메카의 거상들은 군대를 보내 마호메트 일행을 공격한다. 평화를 신봉하는 이슬람 교도들도 끝내는 이들과 맞서 싸운다. 함자가 이끄는 이슬람 군대는 숫적인 열세에도 불구하고 메카 병력을 물리친다.

로마제국이 최후를 맞이하는 격변의 시기, 신의 이름으로 세상을 지배하려는 야망으로 가득찬 이들은 거대 전쟁을 일으킬 준비를 한다. 미모와 지성을 겸비해 모든 남성들의 선망의 대상이 되었던 세기의 여인, 천재 천문학자 히파티아(레이첼 웨이즈)는 전쟁의 소용돌이 속 오직 진리만을 위해 세상과 맞서 싸운다. 한편, 스승 히파티아를 향한 사랑과 야망 사이에서 갈등하는 오레스테스(오스카 아이삭)는 결국 권력을 선택하고, 신의 이름으로 수많은 사람을 전쟁으로 몰아넣는 주교 시릴은 자신의 길을 방해하는 히파티아를 처단하기 위해 온갖 음모를 계략한다. 노예의 신분으로 히파티아를 사랑했지만, 이룰 수 없는 운명 앞에 신을 택했던 다보스(맥스 밍겔라)는 죽음의 위기에 놓인 히파티아를 위해 마지막 순간 가장 비극적인 사랑의 방식을 선택하는데… 과연, 신의 이름으로 세상을 지배하려는 세력과 그에 맞서는 사람들의 역사를 뒤흔든 전쟁의 끝은 어떻게 될 것인가?

바라바는 예수 대신 석방되어 도적질과 폭력으로 가득했던 예전의 삶으로 돌아간다. 그러나 그가 총애하던 창녀 라헬은 기독교도가 되었다 돌에 맞아 죽는다. 사람을 죽이고 도둑질을 일삼는 삶을 계속하던 바라바는 다시 체포되어 평생 동안 광산 노역을 선고받는다. 바라바는 광산에서 기독교도인 사하크를 만나고, 바라바를 알아본 사하크는 그를 공격하려 들지만 둘은 얼마 안 가 친구가 된다. 바라바는 광산에서 20년을 일하며 죽음을 선고받았던 때의 고통과 예수의 희생에 대한 기억으로 고통받는다. 바라바와 사하크는 광산의 매몰에서 살아남아 로마 콜로세움으로 가게 된다. 둘은 그곳에서 검투사로 훈련을 받지만 사하크는 죽음을 당하고, 바라바는 사하크의 복수를 감행한다. 기독교도인 사하크의 시신을 기독교 모임으로 옮겨간 바라바는 섣부른 신앙을 내보였다가 그곳에서도 배척받는다. 신의 말씀을 잘못 이해한 바라바는 로마의 대화재에 가담하지만, 결국은 순교자가 된다.