Finny e la sua miglior amica, Leah, cadono accidentalmente dall’arca di Noé e finiscono in mare. Da soli su una zattera, vengono separati a causa di una tempesta. Mentre Finny trova un’intera colonia di animali simili sott’acqua, Leah giunge su una isola all’apparenza bellissima che continua a muoversi e che culmina con una montagna dalla cui sommità continua a fuoriuscire un pennacchio di fumo…

Vinni, carismatico poeta con una terribile paura del palcoscenico, e Tito, chitarrista talentuoso e affascinante, sono due topolini che, allo scoppio del diluvio universale, tentano di aggirare le regole di imbarco dell'Arca di Noè per poter salire a bordo e salvarsi. Con l'aiuto di un ingegnoso scarafaggio e un po' di fortuna, Vinni e Tito si intrufolano sull'Arca. Ora devono sopravvivere per 40 giorni e 40 notti, cercando di mediare attraverso la loro musica e la loro poesia le tensioni che si vengono a creare tra gli animali.

Dave è un goffo Nasocchione dai colori vivaci, le sue uniche abilità sono quelle di creare meravigliosi e confortevoli nidi e produrre nuvole di gas terribilmente puzzolenti ogni volta che si spaventa. Dave viene a conoscenza dell’arrivo di un gigantesco diluvio che sommergerà tutta la terra, prepara i bagagli ancora una volta e insieme a Finny si ritrova al grande raduno degli animali. L’unico modo per sopravvivere è salire sull’enorme arca, in grado di ospitare tutti gli animali della terra. L’arca è stata costruita da Noè… un umano gentile! Proprio quando credono di essere tutti salvi, Dave e Hazel si accorgono che Finny e Leah sono scomparsi. La curiosità ha giocato loro un brutto scherzo, erano sul ponte quando vengono scaraventati in acqua da un onda gigantesca. L’arca sta salpando… e per Dave e Hazel non resta che l’ultimo tentativo di salvare i piccoli rimasti sull’ultimo lembo di terra ferma.

Due storie procedono in maniera parallela: da una parte la vicenda biblica del Diluvio universale, da cui si salverà solo Noè (Paul McAllister) con la sua famiglia; dall'altra il dramma di un soldato americano (George O'Brien) che è stato costretto ad abbandonare l'amata moglie austriaca (Dolores Costello) a causa dello scoppio del conflitto.

Noè, ultimo discendente della stirpe di Set, vede morire suo padre per mano dei discendenti di Caino. Diventato adulto una notte il Creatore gli parla in sogno annunciandogli la fine dell'umanità con un grande diluvio e instillando in lui lo stimolo a costruire un'arca in cui stipare tutti gli animali assieme alla moglie, i figli e le mogli dei figli. Aiutato dai giganti (antica stirpe che popola la Terra, originariamente scesa dal cielo per pietà verso gli uomini) costruisce l'arca e la difende dagli attacchi portati dal resto degli uomini quando è ormai chiaro che la fine è vicina. Tentato a sua volta da un eccesso di religiosità e adesione alla furia divina rischia di uccidere la propria discendenza e sconfigge la propria nemesi infiltratasi nell'arca fino a sopravvivere e ritrovare la Terra.