Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.
Ένας νεαρός ταλαντούχος προγραμματιστής επιλέγεται από έναν δισεκατομμυριούχο επιχειρηματία-εφευρέτη να γίνει ο αποκλειστικός μάρτυρας ενός πρωτοποριακού πειράματος. Απομονωμένος μαζί του σε ένα μυστικό εργαστήριο, πρέπει να αξιολογήσει την Έιβα, ένα θηλυκό ρομπότ με τεχνητή νοημοσύνη.
Ένας πρώην πράκτορας της CIA είναι αποφασισμένος να βρει τον γιο του, ο οποίος έχει πέσει θύμα απαγωγής από μια μυστική κυβερνητική οργάνωση, η οποία θέλει να εκμεταλλευτεί τις τηλεπαθητικές του ικανότητες.
Ένα βράδυ, ο Μικροπόδης βλέπει ένα απίστευτο θέαμα: μια τεράστια "πέτρα απο παγωμένη φωτιά" πέφτει από τον ουρανό κάπου μέσα στα Καπνισμένα Βουνά. Το μόνο πρόβλημα είναι ότι κανείς άλλος στην Μεγάλη Κοιλάδα δεν το είδε αυτό και έτσι κανείς δεν τον πιστεύει! Τότε, ο Μικροπόδης με την παρέα του, ξεκινούν μια συναρπαστική αναζήτηση.
1969. Ο νεαρός Ντάνι Γουίντερς εγκαταλείπει τη Νέα Υόρκη, όταν η οικογένεια του τον πετάει έξω από το σπίτι, αφήνοντας πίσω του την αγαπημένη του αδελφή. Άστεγος και άπορος, θα γίνει φίλος με παρέα του δρόμου όπου θα του συστήσουν έναν μικρόκοσμο με γκέι, λεσβίες και τραβεστί, γνωστότερο ως The Stonewall Inn. Αλλά αυτό το σκιερό κι ελεγχόμενο από τη μαφία μπαρ δεν είναι παράδεισος. Και οι μέρες ζυγώνουν για αυτό που η ιστορία θα ονομάσει Stonewall Riots, τις διαδηλώσεις δηλαδή που αποτέλεσαν κόμβο για τα δικαιώματα των ομοφυλοφίλων.
Προκειμένου να διαγνώσει τα ψυχικά τραύματα που υφίστανται οι ασθενείς του, ο δρ Πολ Νοβότνι βάζει τον νεαρό Άλεξ Γκάρντνερ να μπαίνει στα όνειρά τους.