Jungle Cruise tar oss med på en berg-og-dalbane gjennom Amazonas jungel sammen med den smarte kapteinen Frank Wolff og den fryktløse forskeren Dr. Lily Houghton. Lily reiser fra London til Amazonas og hyrer inn Frank Wolff som guide på hans tvilsomme, men sjarmerende båt La Quila. Lily er fast bestemt på å finne legenden om et magisk tre som sies å ha helbredene krefter og som kan endre fremtiden for dagens medisin. Sammen drar de ut på et episk oppdrag hvor de møter utallige farer og overnaturlige krefter, og mens treets hemmeligheter kommer mer til syne innser de at deres og menneskehetens skjebne henger i en tynn tråd.

Helt siden den kommende studenten Mike Wazowski var et lite monster har han drømt om å bli en Skremmer—og han vet bedre enn noen at de beste Skremmerne kommer fra Monsteruniversitetet (MU). Med i det første semesteret på MU, avsporer Mikes planer da han treffer tøffingen James P. Sullivan, “Sulley”, en født Skremmer. Parets helt ville konkurranseånd sørger for at begge blir kastet ut av universitetets Eliteskremmeprogram. Drømmene deres er midlertidig knust, men de innser snart at de må samarbeide, også med en sprø gjeng av mislykkede monstre, hvis de skal klare å lykkes.

Alt Clara ønsker seg er en nøkkel som fører til en gave fra sin avdøde mor. For å få tak i nøkkelen, må Clara begi seg inn i den fjerde verden hvor tyrannen Mother Ginger styrer.