Победив последнего Ангела, NERV сталкивается с более зловещей угрозой: пока Гэндо Икари начинает подготовку к Третьему удару, на их подземную штаб-квартиру нападают боевики Seele. Рэй сливается с Лилит, а Синдзи предстоит сделать выбор — продолжит человечество существование или нет.
Молодой парень по имени Феникс находится в больнице для душевнобольных. В детстве он стал свидетелем того, как его отец-циркач отрезал руки своей жене, религиозной фанатичке и лидеру секты «Святой крови», и покончил с собой. Парень сбегает из лечебницы и находит свою выжившую безрукую мать. Феникс сидит целыми днями дома, помогает матери готовить еду и пытается изобрести формулу невидимости. По мере того, как Феникса начинают посещать воспоминания детства, в городе начинается череда жестоких убийств…
Визионер-художник Мэттью Барни возвращается в кино с эпическим трёхчастным произведением, радикально переосмысляющим роман Нормана Мейлера «Древние вечера». В сотрудничестве с композитором Джонатаном Беплером Барни объединяет традиционные формы повествовательного кино с элементами театра, скульптуры и оперы, воссоздавая гиперсексуальную историю Мейлера о египетских богах и семи этапах реинкарнации, на фоне подъёма и падения американской автомобильной промышленности.
Психиатр рассказывает инспектору две истории из жизни транссексуалов и трансвеститов: как некто Алан сделал операцию и стал Анной, и как некто Глен страшится рассказать невесте Барбаре о своем хобби — облачаться в ангорские кофточки и шастать по ночам в облике Гленды. Параллельно некий ученый предупреждает зрителей: «Берегись зеленого дракона!»