Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.

Μια μέρα, η Blanca, μια νεαρή γυναίκα σώζεται από τον Xuan, έναν κυνηγό φιδιών από το κοντινό χωριό. Εκείνη έχει χάσει τη μνήμη της και μαζί ξεκινούν ένα ταξίδι για να ανακαλύψουν την αληθινή της ταυτότητα. Στη πορεία όμως η σκοτεινή πλευρά του παρελθόντος της βγαίνει στην επιφάνεια με τη μοίρα ολόκληρου του κόσμου να κρέμεται από τα χέρια τους.

Ένας ελεύθερος σκοπευτής εμφανίζεται στο Τόκιο, κάνοντας τους ανθρώπους να φοβούνται πολύ για να βγουν έξω. Για άλλη μια φορά εναπόκειται στον Κόναν να διερευνήσει τις δολοφονίες και να συλλάβει τον μυστηριώδη ελεύθερο σκοπευτή προτού χαθούν περισσότερες ζωές.

Δύο καθημερινοί έφηβοι βουτάνε σε έναν μαγικό κόσμο και προσπαθούν να σώσουν τη ζωή μιας φίλης τους. Αλλά ο έρωτας περιπλέκει την κατάσταση.

Τρεις γήινοι εξπέρ στις πολεμικές τέχνες αντιμετωπίζουν μια σειρά από σατανικούς νίντζα, μάγους και τέρατα από άλλη διάσταση.