A história de Persona 3 realiza-se em uma cidade japonesa moderna, construída e financiada pela Kirijo Corporation. Devido aos acontecimentos ocorridos no passado, há uma "Dark Hour": um período de tempo que existe entre a meia-noite e o próximo dia que só poucas pessoas podem ver; aqueles que não estão conscientes se encontram congelados em caixões. A Dark Hour traz a curva da realidade; a Gekkoukan High School, onde a maioria dos personagens frequentam a escola durante o dia, à noite se torna um enorme torre com labirintos chamada "Tartarus", que possui bestas chamadas Shadows que estão à vagar e proteger certas áreas, às que se encontram fora do Tartarus, predam sobre as mentes das pessoas ainda consciente durante esse tempo, deixando as vítimas em estado quase catatônico fora da Dark Hour.

Enquanto trabalham numa instalação subterrânea para reparar uma conduta de água, os canalizadores naturais de Brooklyn Mario e o seu irmão Luigi são transportados através de um tubo misterioso para um novo mundo mágico. Mas quando os irmãos são separados, Mario embarca numa missão épica para se reencontrar com o irmão com a ajuda de Princesa Peach e Toad.

Os heróis de Earthrealm devem viajar para Outworld e lutar pela sobrevivência de sua terra natal, invadida pelas forças do malvado senhor da guerra Shao Kahn, no torneio para encerrar todos os torneios: o Mortal Kombat final.

Sonic é um ouriço azul de origem alienígena que acidentalmente aterrou no planeta Terra durante uma fuga às forças malignas do seu planeta natal. Foi assim que conheceu o xerife Tom Wachowski, de quem se tornou inseparável e a quem se aliou na luta contra o terrível Dr. Ivo Robotnik. Agora, quando tudo parecia tranquilo, Robotnik regressa à Terra com Knuckles, seu aliado na maldade, em busca de uma poderosa esmeralda que lhe dará grandes poderes. Percebendo o perigo que enfrentam, Sonic e Tom vão ter de encontrar a pedra preciosa antes que seja demasiado tarde.

O filme leva-nos até uma ilha distante, inteiramente habitada por pássaros felizes e incapazes de voar – ou, pelo menos, voar de forma eficiente... Neste paraíso, porém, Red, um pássaro com problemas de temperamento, o veloz Chuck e o volátil Bomb, sempre foram verdadeiros inadaptados. Mas quando a ilha é visitada por misteriosos porquinhos verdes serão exactamente estes improváveis marginais que se incumbirão de descobrir que raio andam os porcos a tramar…