Frank Adler è un uomo che cresce da solo la prodigiosa nipotina Mary in una città costiera della Florida. I piani di Frank per garantire un'educazione normale a Mary vanno in fumo quando le incredibili capacità matematiche della piccola vengono scoperte da sua madre Evelyn, i cui progetti rischieranno di separare per sempre zio e nipote.

Durante le Olimpiadi del 1972 di Monaco il commando di estremisti palestinesi Settembre Nero prende in ostaggio e poi uccide gli atleti israeliani. A seguito dell'attentato, una squadra di cinque uomini viene segretamente incaricata dal governo di stanare e uccidere i responsabili. Avner, ex ufficiale del Mossad, figlio di un patriota, accetta di essere a capo della missione: per un lungo periodo dovrà abbandonare la sua identità e i suoi affetti...

Protagonista del film è Christian, curatore di un importante museo di arte contemporanea di Stoccolma, nonché padre amorevole di due bambine. Nel museo c'è grande fermento per il debutto di un'installazione chiamata "The Square", che invita all'altruismo e alla condivisione, ma quando gli viene rubato il cellulare per strada, Christian reagisce in modo scomposto, innescando una serie di eventi che precipitano la sua vita rispettabile nel caos più completo.

John Hammond rivela a Ian Malcom l'esistenza, in Costa Rica, di un'isola, chiamata "sito B", in cui i dinosauri creati in laboratorio sono stati allevati in totale libertà. Il vecchio miliardario ha perso il controllo della sua società, gestita adesso dal nipote Peter, affarista incompetente e privo di scrupoli. Chiede perciò a Malcom di unirsi a un corpo di spedizione scientifico sull'isola, per documentare la vita dei dinosauri e fare in modo che l'avidità del nipote non provochi un'ulteriore strage. Ma sull'isola, insieme agli scienziati, arriva anche un gruppo di cacciatori guidati da Peter...

La vita è meravigliosa per Peter Parker: ama, ricambiato, Mary Jane Watson, è idolatrato dalla popolazione e dalla stampa, nessun cattivo sembra resistergli. Le cose cambiano quando da un meteorite caduto nei pressi di New York, emerge un parassita che si insinua nel suo costume: lo sgradito ospite ha la capacità di scavare nell'animo dell'eroe e di fargli mostrare il suo lato peggiore. Intanto, nuovi e vecchi nemici si dimostrano più pericolosi del previsto ed anche Mary Jane, delusa dal comportamento del "nuovo" Peter lo abbandona....Riuscirà Spiderman a sconfiggere gli avversari e riconquistare il cuore della sua amata?