Etorkizun urrunean, apokalispsiaren mila urte beranduago, Lurraren zati handi bat "Fukai" izeneko baso batez estalita dago. Baso horrek pozoia aireratzen du eta intsektu erraldoiez josia dago. Gizakia gainbeheran dago, herri asko izan dira irentsiak Fukaiarengatik eta bizirik jarraitzen direnek gogor lan egin behar dute bizirauteko. Nausicaä, Haize Haraneko printzesa da, erreinu oso txiki bat. Ontziak bikain pilotatzen dituen eta intsektuak etsaitzat hartzen ez dituen neska.
2035ean, James Cole kondenatua gogoz kontra denboran atzera bidaltzeko boluntarioa da, lurreko ia populazio osoa desagerrarazi eta bizirik atera zirenak lurpeko komunitateetara behartu zituen birus hilgarri baten jatorria ezagutzeko. Baina Cole oker 1990era bidali beharrean 1996ra bidaltzen dutenean, atxilotu eta buruko ospitale batean giltzapetu dute. Bertan Kathryn Railly doktorea psikiatra eta Jeffrey Goines pazientea ezagutuko ditu, birusen aditu ospetsu baten semea, zeinak izan lezakeen giltzarria talde malkartsu misteriotsuaren, 12 Tximinoen Armada, gaixotasun hiltzailea askatzeko arduraduna dena.