Δύο αδελφές με τον πατέρα τους, μετακομίζουν στην εξοχή για να είναι πλησιέστερα στο νοσοκομείο που νοσηλεύεται η μητέρα τους. Εκεί θα ανακαλύψουν ότι τα δέντρα της περιοχής κατοικούνται από τους Τότορος, μαγικά πνεύματα του δάσους. Όταν η νεότερη από τις δύο το σκάσει από το σπίτι, η αδελφή της αναζητά βοήθεια από τα πνεύματα για να την βρει.
Η ιστορία εξελίσσεται δύο χρόνια μετά το τέλος του παιχνιδιού. Μια ασθένεια ονόματι "Geostigma" μαστίζει τον κόσμο. Ο κεντρικός ήρωας, Cloud Strife, θα πρέπει να αντιμετωπίσει τρεις μυστηριώδεις άνδρες που απαγάγουν μικρά παιδιά και τους κάνουν πλύση εγκεφάλου. Στο πλευρό του θα σταθεί η Tifa Lockhart, η οποία είναι πλέον ιδιοκτήτρια ορφανοτροφείου και φυσικά και άλλοι χαρακτήρες από το final fantasy VII όπως ο Vincent Valentine.
Η ιστορία της ταινίας τοποθετείται το 1965, λίγους μήνες πριν τον πόλεμο του Βιετνάμ, στην αμερικάνικη στρατιωτική βάση Yokota της Ιαπωνίας. Η κύρια πρωταγωνίστρια της ταινίας, ακούει στο όνομα Saya, και κύριος ρόλος της είναι να εξοντώνει δαίμονες βαμπίρ (τα οποία αναφέρονται ως Chiroptera), με την χρήση ενός κατάνα. Η Saya δουλεύει για την κυβέρνηση των ΗΠΑ.
Ο κλέφτης τζέντλεμαν Κάιτο Κιντ έχει βάλει στόχο κάποια κατάνα που χρονολογούνται από την περίοδο Μπακουμάτσου. Ο ντετέκτιβ της Δύσης, ο Χατόρι Χέιτζι βρίσκεται εκεί για ένα τουρνουά κέντο και ο Κόναν μαζί με τη Μόρι και την Καζούχα τον συνοδεύουν για να τον εμψυχώσουν. Παράλληλα, ένας μυστηριώδης άντρας με ιαπωνική καταγωγή αναζητάει έναν θησαυρό που φημολογείται πως βρίσκεται στην περιοχή Χακοντάτε. Η αλήθεια που κρύβεται στο ξίφος θα σκίσει στα δύο το σκοτάδι και θα οδηγήσει στο φεγγαρόφωτο! Η ώρα για ένα επικό κυνήγι θησαυρού, έφτασε!