I 1942, under de brutale kampene mellom Amerika og Japan, leter den amerikanske etterretningstjenesten desperat etter et nytt kodesystem som ikke kan knekkes av japanerne. Valget faller på språket til Navajo-stammen, som tilhører den amerikanske urbefolkningen, og flere hundre Navajo-amerikanere rekrutteres til marinen. Koden blir et av amerikanernes viktigste våpen og må beskyttes for enhver pris, og kodespesialistene må ikke havne i fiendens hender…

Miracle at St. Anna er et gripende og episk krigsdrama som forteller historien om fire svarte soldater under 2. verdenskrig. De tjenestegjorde i den amerikanske hærens 92nd Division Buffalo Soldier for svarte, som var utstasjonert i Toscana, Italia. De opplever krigens tragedier og triumfer i det de befinner seg bak fiendenes linjer, atskilt fra sin avdeling etter at en av dem risikerer livet for å redde en italiensk gutt.