تدور أحداث الفيلم حول شاب مغامر يدعى (ميلو) ينضم لفريق من المستكشفين الجريئين يحاولون العثور على قارة أطلانتس المفقودة.
يعيش الأسد أليكس والحمار الوحشي مارتي والزرافة ميلمين وفرس النهر جلوريا حياة مترفة في حديقة الحيوان، وذات يوم خطر ببال مارتي في تجربة الحياة في البرية، يحاول أصدقائه الهرب من تلك الفكرة، ولكنهم فوجئوا بشحنهم بالخطأ، وتحدث المغامرة حينما تفلت الصناديق التي تحملهم في البحر ليستقروا على جزيرة مدغشقر، حيث توجد بها مملكة قرود الليمور، والتي تعيش في تهديد دائم وخطر مستمر من حيوانات الفوسا.
يبحث صائدو الكنوز المعاصرون ، بقيادة عالم الآثار بن جيتس ، عن صندوق من الثروات يُشاع أن جورج واشنطن وتوماس جيفرسون وبنجامين فرانكلين قد خبأوه أثناء الحرب الثورية. قد يكمن مكان وجود الصندوق في أدلة سرية مضمنة في الدستور وإعلان الاستقلال ، وغيتس في سباق للعثور على الذهب قبل أعدائه.