Als die kleine Chihiro mit ihren Eltern während eines Ausflugs einen dunklen Tunnel durchquert, ahnt sie noch nicht, was sie auf der anderen Seite erwarten wird. Denn dort liegt eine für Menschen normalerweise unsichtbare Stadt der Geister. Zu allem Übel muss Chihiro dann auch noch feststellen, dass sich ihre Eltern in Schweine verwandelt haben und sie selbst plötzlich unsichtbar zu werden scheint...

Japan im frühen Mittelalter. Der junge Krieger Ashitaka tötet in Notwehr einen dämonischen Eber und wird darauf mit einem Fluch belegt. Auf der Suche nach Heilung durchstreift Ashitaka das Land und stößt schließlich nahe einer befestigten Hüttensiedlung, die sich tief in das einst idyllische Land um einen Heiligen Berg frisst, auf die von Wölfen großgezogene Kriegerin San, genannt Mononoke. Obwohl San einen Krieg für die Natur wider ihre Zerstörer führt, verliebt sie sich in Ashitaka.

Ajin Sato macht seine Drohung wahr: 15 Vertreter von Organisationen werden nach und nach von ihm ermordet, solange die Regierung nicht auf seine Forderungen eingeht. Derweil trainieren Kei und Ko, um sich sowohl physisch als auch mental zu stärken. Die wichtigste Aufgabe erwartet Kei: Er muss lernen den schwarzen Geist unter Kontrolle zu bringen. Gerade als Tosakis Plan, Sato aufzuhalten, in den letzten Vorbereitungen steckt, wird der Mitarbeiter des Ministeriums von Almeida und Myers entführt. Während für das Team um Kei nun Tosakis Rettung Vorrang hat, ist Sato mittlerweile bei der letzten Person auf seiner Liste angekommen: Der Präsident von Musashi Heavy Industries soll beim Vorstandstreffen sterben. Diesmal soll auch die illegale Anti-Ajin-Sondereinheit zum Einsatz kommen ...

Tokio 1988. In einem Geheimlabor der Armee wird mit Kindern, die über PSI-Fähigkeiten verfügen, experimentiert. Doch die Tests geraten außer Kontrolle, die nur noch mit dem Abwurf einer Atombombe gestoppt werden können. 31 Jahre später. Eine Motorradgang, angeführt von Kaneda, durchstreift Neo-Tokio auf der Suche nach Action. Ungewollt gerät sie an ein Geheimnis, das die gesamte Menschheit bedroht.

Koyomi Araragi hat nun endlich seinen Oberschulabschluss geschafft, doch kaum ist die Abschlussfeier überstanden, verspürt er eine gewisse Leere – ist nun also Schluss mit all den bizarren Erlebnissen? Wohl kaum, denn als Koyomi vorm Spiegel seines Badezimmers über sein weiteres Leben sinniert, wird er prompt von diesem aufgesaugt. Als er wieder zu sich kommt, scheinen sich einige Dinge geändert zu haben...

Schon seit ihrer Kindheit sind Kousuke und Natsumi befreundet. Auch wenn sie sich in der sechsten Klasse etwas voneinander entfremdet haben, beschließen sie, in den Sommerferien noch einmal den alten Gebäudekomplex aufzusuchen, wo sie früher gewohnt haben, bevor er abgerissen wird. Viel Zeit bleibt ihnen jedoch nicht, um in Erinnerungen zu schwelgen, denn es geschieht etwas Sonderbares: Plötzlich verändert sich ihre Umgebung und das alte Haus treibt wie ein Schiff auf den Ozean hinaus, zusammen mit den Kindern und allen anderen Leuten, die sich in der Nähe aufhalten…

Die Erde der Zukunft wird beherrscht und ausgebeutet vom Industriekonzern Shinra und dessen Söldnern. Zuletzt sind auch Shinra mächtige Gegner erwachsen, sowohl in Form rühriger Revolutionäre als auch in Gestalt des über wundersame Kräfte verfügenden Ex-Söldners Sephiroth. Seit letzterer von Widerstandskämpfer Cloud zur Strecke gebracht wurde, herrscht so etwas wie Waffenruhe vor dem Sturm, die nun gestört wird, als ein Rebell namens Kadaj die Widerauferstehung des Sephiroth betreibt.

Vor 30 Jahren ereignete sich eine Katastrophe, die mittlerweile »Great World Blaze« genannt wird. Dabei rissen Menschen durch massive spontane Selbstentzündung zahlreiche andere mit in den Tod; letztendlich wurde dabei die gesamte Weltbevölkerung halbiert. In dieser Zeit tauchten auch die ersten sogenannten Burnish auf – Menschen, die dazu in der Lage sind, Feuer frei zu manipulieren. Da deren Fähigkeiten überwiegend zerstörerischer Natur sind und manchmal außer Kontrolle geraten, werden Burnish vom Großteil der Gesellschaft gefürchtet, verachtet und verfolgt.

Im Herbst 1966 ist die Stimmung auf der US Air Force Base in Japan äußerst angespannt. Nach einer mysteriösen Selbstmordserie in der angrenzenden japanischen Stadt, wird das Militärgelände von unheilvollen Kräften heimgesucht: Vampire. Ein Team von Regierungsagenten, die für die Eliminierung von Vampiren zuständig sind, schickt eine geheimnisvolle junge Frau namens SAYA auf die Base. Sie ist die letzte reinrassige Vampirin und soll, als Schulmädchen verkleidet, die Ursache der Dämonenplage herausfinden, die Bestien vernichten und so ihre Schreckensherrschaft beenden, bevor es zu spät ist.

30 Jahre nach dem Scheitern des Space Colonization Program: Die Menschheit ist fast ausgestorben. Ein immerwährender und tödlicher Regen fällt auf die Erde. Menschen, die als »Junker« bekannt sind, plündern Waren und Artefakte aus den Ruinen der Zivilisation. Einer dieser Junker schleicht sich allein in die gefährlichste aller Ruinen – eine »Sarkophag-Stadt«. In der Mitte dieser toten Stadt entdeckt er ein Vorkriegs-Planetarium. Und als er es betritt, wird er von Hoshino Yumemi, einem Begleiterroboter, begrüßt. Ohne den geringsten Zweifel nimmt sie an, dass er der erste Kunde ist, den sie seit 30 Jahren hat. Sie versucht, ihm sofort die Sterne zu zeigen, aber der Planetariumsprojektor ist kaputt. Da er nicht in der Lage ist, aus ihrer Unterhaltung schlau zu werden, erklärt er sich schließlich bereit, den Projektor zu reparieren …

Selbst nach dem Benutzen der finalen Waffe bekämpfen sich die Monster und die Menschheit immer noch … Die Monster werden mit der Zeit aber immer stärker und die letzte Hoffnung der Erde steckt in einer Gruppe Kinder, welche übernatürliche Kräfte besitzen und »TOPLESS« genannt werden. Ausgerüstet mit ihren Buster Machines, bilden sie die Kampftruppe »Fraternity«. Nono verließ ihr Haus, um ihrem Traum, Pilotin zu werden, näherzukommen und arbeitet seither als Bedienung in einem Restaurant. Dort trifft sie dann auf die beste TOPLESS Lal’C Melk Mark und schließt sich ihr an, um zusammen mit ihr, Nicholas und Tycho für ihre Heimat zu kämpfen.

Nachdem Shin den Tod seiner Mutter schon im Kindesalter verarbeiten musste, stirbt auch sein Vater unerwartet an einer neuen Krankheit, die der "Sekundentod" genannt wird. Kurz darauf taucht eine andere Version seines Selbst auf, die seiner engen Freundin Kotori nach dem Leben trachtet. Es stellt sich heraus, dass dieser Jin aus dem Herzogtum Japan stammt, einem Land in einer Parallelwelt zur unserer heutigen. Jin ist das Gegenstück zu Shin, so wie Kotori das Gegenstück zu Herzogin Kotoko ist. Stirbt ein Ich in der einen Welt, so stirbt es auch in der anderen. Schnell wird klar, dass das die Erklärung für den mysteriösen "Sekundentod" ist. Um die Sekundentode zu stoppen, müssen sämtliche Verbindungen zwischen den Welten gekappt werden. Das bedeutet unausweichlich den Krieg zwischen den Welten!