Στο μέλλον, η τρανή πόλη «Μητρόπολη» είναι το καμάρι του σύγχρονου κόσμου, με κυβερνήτη τον Τζο Φρέντερσεν. Αυτή η πανέμορφη ουτοπία όμως δεν κινείται μόνη της. Είναι ένας καλο-λαδωμένος μηχανισμός, που λειτουργεί νύχτα-μέρα από τον εξαντλητικό κόπο και μόχθο των εργατών. Ομως, αυτή η κατάσταση, με τους αστούς να χαίρονται τη ζωή που τους προσφέρει ο μόχθος των εργατών, σύντομα θα αλλάξει, όταν ο γιος του Φρέντερσεν, ο Φρέντερ, που ζει μια ξένοιαστη ζωή γεμάτη γλέντια, γνωρίζει κατά τύχη την όμορφη Μαρία, κόρη ενός εργάτη...
Η πλοκή της ταινίας τοποθετείται χρονικά στο 1995, έντεκα χρόνια μετά τα γεγονότα της πρώτης ταινίας. Ο Τζον Κόνορ, σε ηλικία έντεκα ετών, ζει με τους κηδεμόνες του στο Λος Άντζελες. Η μητέρα του Σάρα Κόνορ, προετοίμαζε τον Τζον ώστε να εκπληρώσει το μελλοντικό του καθήκον. Συνελήφθη ωστόσο, μετά από απόπειρά της να βομβαρδίσει ένα εργοστάσιο με υπολογιστές και στη συνέχεια μεταφέρθηκε σε ψυχιατρική κλινική. Μετά την πρώτη, ανεπιτυχή απόπειρα του υπερυπολογιστή Skynet να εξοντώσει την Σάρα Κόνορ, στέλνει πίσω στο χρόνο έναν νέο, ακόμα πιο εξελιγμένο, σάιμποργκ εξολοθρευτή, τύπου Τ-1000, προκειμένου να εξοντώσει αυτήν τη φορά, τον ίδιο τον Τζον Κόνορ. Παράλληλα, ο μελλοντικός Τζον Κόνορ, στέλνει έναν επαναπρογραμματισμένο εξολοθρευτή τύπου Τ-800, όμοιο με αυτόν που καταδίωκε την Σάρα Κόνορ στην πρώτη ταινία, αυτήν την φορά για να προστατεύσει τον ίδιο (ακόμη σε νεαρή ηλικία) και την μητέρα του.
Η Γη έχει ερημώσει, καθώς οι περισσότεροι κάτοικοι έχουν αναζητήσει καλύτερη τύχη στις διαστημικές αποικίες. Ο Rick Deckard ανήκει σε μια ελίτ αστυνομική ομάδα, τους Blade Runners, που έχουν σαν αποστολή να "αποσύρουν" τέλεια ανθρωποειδή ρομπότ, όταν αυτά επιστρέφουν στην Γη.
Ένας αστυνομικός της Νέας Υόρκης αντιμετωπίζει συντριπτικά γεγονότα όταν η χριστουγεννιάτικη επίσκεψή του στην Καλιφόρνια διακόπτεται από μια τρομοκρατική εισβολή στο κτίριο γραφείων της εν διαστάσει συζύγου του.
Ενας κατάδικος του έτους 2035 στέλνεται στο παρόν για να βρει τα αίτια της διάδοσης ενός θανατηφόρου ιού, που αφάνισε δισεκατομμύρια ανθρώπους.
Το 2054 η τεχνολογία έχει προχωρήσει σε τέτοιο βαθμό, ώστε να είναι δυνατή η πρόβλεψη των φόνων πριν αυτοί διαπραχθούν και η σύλληψη των δραστών πριν αυτοί παρανομήσουν. Πρόκειται για ένα σύστημα που είναι αλάνθαστο και δεν αποτυγχάνει ποτέ. Όταν όμως προβλέπεται ότι ο επικεφαλής του προγράμματος, John Anderton, πρόκειται να δολοφονήσει σε λιγότερες από 36 ώρες κάποιον που δεν έχει συναντήσει ποτέ έως τώρα, εκείνος από κυνηγός μετατρέπεται σε θήραμα.
Κάπου στο μακρινό μέλλον, ο ιδιοκτήτης μιας πολυκατοικίας, χασάπης στο επάγγελμα, προμηθεύει τους γείτονές του με κρέας... ανθρώπινο, αφού πρώτα έχει κομματιάσει όλους τους υποψήφιους για τη θέση βοηθού στο μαγαζί του. Η κόρη του ερωτεύεται τρελά τον Λουίσον έναν από τους υποψήφιους για τη θέση και προσπαθεί με κάθε τρόπο να τον προστατέψει από τις περίεργες διαθέσεις του πατέρα της. Όταν όμως αυτός μαθαίνει σε τι κίνδυνο βρίσκεται παίρνει την κοπέλα και το σκάει, μαζί με μια ομάδα φανατικών χορτοφάγων, για το άγνωστο...
Σε μια εποχή όπου ο πλανήτης Άρης κατοικείται, ο Ντάγκλας Κουέϊντ υποφέρει από εφιάλτες. Κάθε βράδυ ζωντανεύουν αναμνήσεις από μια άλλη ζωή στον Άρη και αναστατώνουν τη ζωή του. Αποφασίζει λοιπόν να απευθυνθεί στην εταιρεία RECALL, η οποία ειδικεύεται στο να εμφυτεύει ψεύτικες αναμνήσεις. Αυτή τη φορά όμως αντί να εμφυτεύσει ψεύτικες αναμνήσεις, ζωντανεύει αληθινές. Έτσι ο Ντάγκ ανακαλύπτει ότι κάποτε ζούσε στον Άρη σαν πράκτορας και κάποιοι έσβησαν αυτές τις αναμνήσεις του και εμφύτευσαν άλλες, ψεύτικες, γιατί γνώριζε κάποιο φοβερό μυστικό.
O Νίο, ο Μορφέας, και η Τρίνιτυ μας «ξυπνάνε» μέσα στον αφόρητα πραγματικό και σκοτεινό κόσμο του Μάτριξ. Αποστολή του Νίο είναι, να σώσει σε 72 μόλις ώρες την Ζάιον, την τελευταία ελεύθερη πόλη, από ένα στρατό 250.000 φονικών μηχανών που απειλεί να την καταστρέψει. Σε αντίθετη περίπτωση το ανθρώπινο γένος θα εξαφανιστεί από προσώπου Γης. Οι κάτοικοί της ωστόσο, ενθαρρυμένοι από την πεποίθηση του Μορφέα ότι η προφητεία θα εκπληρωθεί και ο πόλεμος με τις μηχανές θα λάβει τέλος, χάρη στον «εκλεκτό» που είναι ο Νίο, εναποθέτουν όλες τις ελπίδες τους σ΄ αυτόν. Ο Νίο όμως, βασανίζεται από τρομακτικούς εφιάλτες που αφορούν τη ζωή της αγαπημένης του Τρίνιτυ.
Μία μέρα πριν από το 2000, σε ένα Λος Αντζελες όπου επικρατεί χάος, ένας πρώην αστυνομικός που εμπορεύεται παράνομα MiniDisc εικονικής πραγματικότητας θα βρεθεί μπλεγμένος στο φόνο ενός μαύρου ράπερ που είναι δημοφιλής στις καταπιεσμένες κοινωνικές ομάδες.
Ο Νίο έχει παγιδευτεί στον «Σιδηροδρομικό Σταθμό», μια διάσταση κάπου ανάμεσα στο Μάτριξ και τον πραγματικό κόσμο. Ο Μορφέας, η Τρίνιτι και ο Σέραφ οργανώνουν την επιχείρηση διάσωσής του ζητώντας τη βοήθεια του Μεροβίγγιου. Εντωμεταξύ οι στρατιές των Μηχανών κατευθύνονται προς την Ζάιον, το τελευταίο οχυρό της ανθρώπινης αντίστασης ενάντια στην κυριαρχία τους. Όμως δεν έχουν ακόμη αντιληφθεί πως κάποιος έχει αποκτήσει τον έλεγχο του Μάτριξ με σκοπό να καταστρέψει τα πάντα: ο κύριος Σμιθ! Ενώ η Ζάιον αντιστέκεται σθεναρά στις καταιγιστικές επιθέσεις των Μηχανών, ο Νίο καταδύεται στα άδυτα του Μάτριξ σε μια ύστατη προσπάθεια να έρθει αντιμέτωπος με τον Σμιθ και να ματαιώσει τα σχέδιά του.
Τη μελλοντική αυτή εποχή, κυριαρχεί ένα δημοφιλές τηλεοπτικό παιχνίδι, στο οποίο καλούνται να λάβουν μέρος όλοι οι εγκληματίες, με τίμημα την ελευθερία ή το θάνατο - ένα παιχνίδι βίαιο και σκληρό, που χωρίζει τους συμμετέχοντες σε κυνηγούς και κυνηγημένους. Ο `Αρνολντ Σβαρτζενέγκερ υποδύεται έναν τέτοιο κατάδικο, που παίρνει μέρος στο παιχνίδι ως κυνηγημένος. Ντυμένος με ελάχιστα ρούχα και εφοδιασμένος με περίεργα όπλα, ο μυώδης σταρ του Χόλιγουντ μοιάζει με αρχαίο Ρωμαίο μονομάχο, που αγωνίζεται να σώσει τη ζωή του, καταδιωκόμενος από άσπλαγχνους διώκτες.
Σε μια ζοφερή κοινωνία του μέλλοντος -με ανθρώπους που υπακούουν σε εντολές, εργάζονται μηχανικά και ζουν καταπίνοντας χάπια- ένας άντρας θα θελήσει να ξεχωρίσει από το πλήθος και να μάθει τι υπάρχει πέρα από την τέλεια οργανωμένη πολιτεία στην οποία ζει.
Δύο μυστικοί πράκτορες της CIA αναθέτουν σε έναν πρώην Αμερικανό διπλωμάτη να επιστρέψει στον Λίβανο μετά από δέκα χρόνια για να διαπραγματευτεί τη ζωή ενός φίλου του.
Αρράκις, ο πλανήτης των ερήμων. Ένας κόσμος μυστηριώδης, άγονος, αφιλόξενος. Ο Αρράκις, γνωστός και ως Ντιουν είναι το μοναδικό μέρος σε ολόκληρο το γνωστό σύμπαν όπου υπάρχουν φυσικά αποθέματα του μπαχαρικού μελάνζ, της πολυτιμότερης ουσίας στην Αυτοκρατορία. Το μελάνζ παρατείνει τη ζωή, διευρύνει την ανθρώπινη συνείδηση κι επιτρέπει στους Πλοηγούς της Διαστημικής Συντεχνίας να αναδιπλώνουν το διάστημα, προσφέροντας έτσι στην ανθρωπότητα τη δυνατότητα να ταξιδεύει στα αστέρια.
Έτος 2018: η Ημέρα της Κρίσης είναι πια παρελθόν και ο στρατός των Εξολοθρευτών, καθοδηγούμενος από το δίκτυο Skynet, έχει τον πλήρη έλεγχο, σκοτώνοντας ή συλλαμβάνοντας ανθρώπους από τις ερημωμένες πολιτείες. Ο μοναδικός άνθρωπος που πίστευε στη Ημέρα της Κρίσης, ο Τζον Κόνορ (Κρίστιαν Μπέιλ), καλείται να αναλάβει τις ευθύνες του για τη σωτηρία του ανθρώπινου γένους. Κι ενώ μέχρι τώρα είχε ελπίδες ότι η ανθρωπότητα μπορεί να κερδίσει τον πόλεμο, ένα νέο στοιχείο κλονίζει την πίστη του: ένας άγνωστος από το παρελθόν, ο Μάρκους Ράιτ (Σαμ Γουόρθινγκτον), εμφανίζεται ξαφνικά, με μοναδική τελευταία ανάμνηση τη θανατική του καταδίκη. Ο Κόνορ θα πρέπει να αποφασίσει αν μπορεί να εμπιστευτεί τον Μάρκους. Αλλά καθώς το Skynet εφαρμόζει νέες μεθόδους για να κατατροπώσει την Αντίσταση, ο Κόνορ και ο Μάρκους θα πρέπει να υιοθετήσουν μια κοινή στάση για να εισχωρήσουν στο δίκτυο και να αντιμετωπίσουν κατά πρόσωπο τον εχθρό.