아마존강 유역의 작은 도시에 사는 피츠카랄도는 대단한 오페라광으로, 그는 아마존의 정글 속에 훌륭한 오페라하우스를 지어 카루소와 베른하르트가 출연하는 베르디의 오페라를 공연하는것이 소원이다. 그는 자금을 마련하기위해 고무를 찾아 배를 타고 밀림 속으로 모험을 떠난다. 간단한 줄거리의 이 작품은 고도의 상징과 진행의 정확성, 잔꾀를 멀리하고 몸으로 부닥치는 제작 태도, 몽환적이며 동시에 진실한 성격 등이 어울려힘과 기백이 살아숨쉬는 작품으로 완성되고 있다. 밀림 속에서 만나게 되는 원주민들과 피츠카랄도의 관계는 대중과 선구적인예술가의 관계를 상징하는데 피츠카랄도의 무모한 행적이 원주민신앙의 신탁에 의한 것으로 설정되어 숭고한 인간의 의지로 승화되는 것은 이 작품의 자연주의적인 진행방법과 접목되어 완성도를 한층 높여주고 있다. 헤어조크가 자주 등장시키는 유명한 배우 클라우스 킨스키는 브루노와 함께 헤어조크의 작품세계에 가장 잘 어울린다. 킨스키가 보여주는 피츠카랄도의 이미지는 헤어조크 자신을 반영하는 듯한 감도 있다. 이 작품을 제작, 연출하면서 보여준 헤어조크의 열정과 의지 또한 피츠카랄도의 그것과 똑같은 것이었다.

1560년, 스페인 원정대는 아마존 강 기슭에 있다는 황금의 도시 엘도라도를 향해 모험을 나선다. 아무도 가보지 않은 전설의 땅으로 가는 길이 험난해지자 피사로 장군은 우루수아를 대장으로 임명하고, 40명의 선발대를 뗏목에 태워 강으로 먼저 보낸다. 원정대와 선발대가 약속한 사전 조사 기간은 일주일, 하지만 엘도라도에 대한 강한 정복욕에 사로잡힌 아귀레는 대장 우루수아를 가두고 반란을 일으킨다. 배고픔과 질병, 식인종들의 습격 속에서 작은 뗏목은 커다란 광기에 휩싸이는데...

3억5천만년 전 사라진 인간과 물고기 사이의 기묘한 생명체가 아마존에 살고 있다는 이야기. 고생물학자 칼 마이어는 아마존에 발굴작업을 하다가 데븐기 지층에서 인간과 유사한 양서류의 화석 일부를 발견한다. 그것을 잘라 연구소로 가져온 그는 남은 화석을 파내기 위해 연구소장인 마크 윌리엄즈, 어류학자인 데이빗 리드, 리드의 약혼녀인 케이 로렌스를 끌고 다시 아마존으로 돌아온다. 그런데 남겨놓은 원주민 조수 둘이 정체불명의 괴물에 의해 살해당한다. 그 괴물은 바로 데븐기부터 지금까지 진화하지 않고 살아남았던 아가미 인간이었고, 아가미 인간은 자기 영역에 들어온 침입자인 탐사대원들을 하나씩 살해하지만 하얀 수영복을 입은 케이 로렌스에 대해서만은 뭔가 다른 생각을 가지고 있는 듯 하다.케이는 결국 아가미 인간에게 납치 당하고 남은 사람들은 케이를 구출하려 나서는데...

1912년 아서 코난 도일의 동명 소설을 바탕으로 만든 무성영화. 폴라 화이트는 탐험가였던 아버지의 일지를 통해 지구상에 여전히 공룡이 생존하고 있음을 확신한다. 런던의 괴짜 교수에게 일지를 전하고 학술 회의 등에서 공룡 존재를 주장하지만 비웃음만 산다. 이에 그녀는 같은 뜻을 가진 사람들을 모아 공룡을 찾아 출발한다. 마침내 이 탐험대 일행들은 고원에서 선사 시대의 동물들을 발견하게 된다.

1978년 아이티(Haiti)에서 죽은 사람이 7년이 지난 85년에 살아있는 것으로 발견되자 이를 조사해 달라는 의료회사의 의뢰를 받고 인류학자인 데니스 알란이 아이티로 향한다. 그는 여류 정신과의사 듀챔프와 함께 부두교의 미신과 관련된, 좀비를 만드는 신비로운 약을 추적해 간다. 독재로 인한 아이티의 혼란스러움과 함께 데니스는 더욱 부두교의 신비와 혼란함에 빠져드는데...

파리에서 친구 리차드(Richard : 패트릭 팀시트 분)와 같이 현물 거래업을 하고 있는 스테판(Stephen : 티에리 레르미르 분)은 얼마전 1500톤의 콩을 사들였다. 정확한 정보에 의하면 곧 콩시세의 폭등으로 인해 80만 달러를 벌어들이게 될 것이다. 그리고 한달 후에 있을 젊은 미녀, 샤를로뜨(Charlotte : 아리엘 돔바슬레 분)와의 결혼을 상상하면 그는 지금 세상에서 가장 행복한 사내인 것이다. 그에겐 13년째 아마존 인디언들과 살고 있는 별거 중인 아내 파트리샤(Patricia : 미우 미우 분)가 있어, 간단한 형식적 절차라고 생각하고 이혼을 하기 위해 그녀를 찾는다. 한때 사랑했던 아내 파트리샤는 그의 무관심을 이유로 결별을 선언하며 13년전 아마존의 인디언 부족으로 짐을 꾸려 갔었다. 아마존에 도착한 스테판은 파트리샤로부터 13년전 헤어질 당시 자신의 아기를 임신하고 있다는 새로운 사실에 당황한다. 그는 모르는 일이라며 발뺌을 하지만 파트리샤는 이혼 조건으로 12살짜리 꼬마 인디언, 미미 시쿠(Mimi-Siku : 루드빅 브리앙드 분)의 파리 구경을 요구한다. 그날 밤 자신의 노트북 컴퓨터를 조작하던 스테판은 콩시세가 폭등했음을 알고 파리에 있는 리차드에게 콩을 팔라는 전문을 띄운다. 그러나 잠시 자리를 비운 사이 호기심 많은 인디언들의 실수로 전송이 중지된다. 다음날 스테프는 이 약삭 빠른 말썽꾸러기를 가방에 숨겨 파리로 데려오게 된다. 이제 '고양이 오줌'이란 뜻을 지닌 미미시쿠는 자신의 친구 왕거미와 함께 파리에서의 모험을 시작하는데...

시카고 항, 브라질에서 도착한 산토스로 선상에는 머리가 뜯겨져 나간 시체들로 대참상이 벌어져 있다. 다고스타 반장(Lt. Vincent D'Agosta: 톰 시즈모어 분)이 조사에 착수하지만 사건은 미궁속으로 빠져들 뿐... 이즈음, 박물관의 그린 박사(Dr. Margo Green: 페네로프 앤 밀러 분)는 운송되어 온 유물 속에서 식물 잎사귀의 DNA를 감식해 본 결과, 도저히 믿기지 않는 사실을 발견하고 경악한다. 당시 박물관 측은 재정적 압박을 해소하기 위해 저명인사들을 초청, 개관 기념파티를 펼치고 있었다. 홀 곳곳에선 경비병들이 모든 통로를 차단한 채 감시의 눈초리를 번득이고 있다. 순간, 그린 박사의 불길한 예감이 적중이라도 하듯 물샐틈없는 삼엄한 경비망을 뚫고 마침내 미지로부터의 묵시를 띤 파충류의 급습이 시작되고 만다. 강도 7의 지진과 같은 엄청난 진동과 함께 보안씨스템이 올스톱되고, 천정의 스프링쿨러가 풀가동되자, 파티장은 순식간에 아수라의 지옥도로 변해 버린다. 파충류의 집중적인 추격을 받기에 이른 그린 박사. 끈끈한 점액질의 채액을 흘리며 다가오는 입에선 두 갈래로 갈라진 긴 혀가 그녀의 목덜미와 얼굴을 감싸는데...

인류학자 케일(Dr. Steven Cale: 에릭 스톨츠 분)은 다큐멘터리 영화 연출팀과 함께 신비의 부족으로 알려진 아마존의 쉬리샤마 족을 찾아 나선다. 케일의 연인이자 다큐필림 연출가인 테리(Terri Flores: 제니퍼 로페즈 분)와 촬영기사 대니(Danny Rich: 아이스 쿠브 분), 음향기사 게리(Gary Dixon: 오웬 윌슨 분) 그리고 리포터인 웨스트리지(Warren Westridge: 조나단 하이드 분)도 같은 배에 동승하고 있다. 안개(Mist) 부족으로 통하는 쉬리샤마족은 아나콘다라는 거대한 뱀을 위협적인 존재이자 신의 파수꾼으로 신봉하는 부족이다. 이들을 찾아 아마존으로 항해하던 케일 일행은 폭우가 쏟아지던날 밤 난파 된 보트에서 구조를 요청하는 샤론(Paul Sarone: 존 보이트 분)을 만나게 된다. 아마존 오지의 지리는 물론 쉬리샤마 부족에 대하여 잘 알고 있는 샤론은 자신을 살려준 대가로 이들의 가이드를 자청한다. 이때부터 이들에겐 의문의 사고가 발생하기 시작한다. 케일이 잠수 도중 장수말벌을 삼켜 질식사 할 뻔하다가 샤론의 응급조치로 구사일생으로 살아나고 선장이었던 마테오(Mateo: 빈센트 캐스텔라노스 분)는 종적도 없이 사라져 버린다. 과연 샤론의 정체는 무엇일까? 그는 전문 밀렵꾼이며 뱀 수집가로 100만 달러이상의 돈벌이가 되는 아나콘다를 찾아 이들과 합류했던 것이다. 그러나 샤론의 음모와 정체를 알게 되었을 때 그들은 이미 아나콘다의 근거지에 들어선 상태였다. 거대한 아나콘다의 위협이 서서히 다가오는 가운데 샤론은 게리의 동조로 배의 실권을 쥐게 되고, 아나콘다를 생포하려는 샤론에 의해 게리와 그의 연인인 데니스(Denise Kalber: 카리 살린 분)는 아나콘다의 희생양이 되고 만다. 아나콘다의 끔직스런 육식현장을 목격하게 된 테리는 엽총으로 아나콘다를 사살하지만 이들은 이 아나콘다보다 더 잔인스럽고 음흉한 샤론과 위협적이고 사나운 수컷 아나콘다와 또다시 마주하게 되는데.

암치료제를 구하기 위해 아마존 정글로 탐험을 떠난 연구팀은 알 수 없는 괴 생명체에게 공격을 당한다. 연구팀원들은 하나둘씩 목숨을 잃고 결국, 이 모든 프로젝트를 방해하는 세력이 있음을 깨닳지만 아마존의 대 자연앞에서 인간들은 한없이 나약해 지는데…