Rämäpäinen Pazu pelastaa taivaalta alas leijuvan Sheeta tytön. Kaivoskaupungissa apupoikana huseeraava Pazu unelmoi lentämisestä. Sheeta kantaa kaulassaan kiviriipusta, joka näyttäisi kumoavan painovoiman, joten nuorten unelmilla näyttäisi olevan sama suunta ja päämäärä. Sheeta vain on tietämättään salaperäisen taivaalla leijuvan Laputa -linnan kruununperillinen.
PlayStation® -pelin suosittua tarinaa jatkavassa FINAL FANTASY VII -elokuvassa on kulunut kaksi vuotta Midgarin – saavutetun rauhan uhrausten muistomerkin – raunioitumisesta. Maailma kohtaa kuitenkin pian uuden uhan. Salaperäinen sairaus alkaa levitä nopeasti. Vanhat viholliset lähtevät liikkeelle. Sankariutta erakkoelämään paenneen Cloudin on astuttava taas esiin...