Feudalna Japonia. Czas niepokojów, przemocy i zdrady. Oddział wojowników ninja wyrusza, by zbadać źródło tajemniczej zarazy, która zabiła mieszkańców niewielkiej wioski. Wojownicy szybko wpadają w zasadzkę i zostają wymordowani przez nadludzko potężną bestię. Przeżywa jedynie pojmana przez potwora piękna Kagero. Od losu gorszego niż śmierć ratuje ją Jubei - ninja oferujący swój miecz każdemu, jeśli tylko cena jest odpowiednia lub cel szlachetny. Jubei szybko się przekona, że wpadł w misterną sieć intryg, w której centrum czyha jego demoniczny arcywróg...

Pięcioletni Sosuke mieszka wraz z mamą nad brzegiem morza. Pewnego dnia chłopiec znajduje na plaży butelkę z uwięzioną w niej złotą rybką. Sosuke ratuje ją i daje na imię Ponyo. Wkrótce okazuje się, że Ponyo nie jest taką sobie zwykłą rybką. To córka wielkiego maga i morskiej bogini. Pewnego dnia rybka przy pomocy magicznego zaklęcia zamienia się w małą dziewczynkę. Ona i Sosuke szybko stają się parą nierozłącznych przyjaciół. Niestety, ta magiczna transformacja narusza równowagę w przyrodzie. Ojciec-mag wysyła fale oceanu na poszukiwanie córki, Księżyc niebezpiecznie zbliża się do Ziemi. Dzieci odważnie próbują zapobiec katastrofie, a jednocześnie spełnić marzenia Ponyo o byciu człowiekiem.