배트맨이 조커와의 대결을 끝으로 세상에서 모습을 감춘 8년 후, 하비 덴트의 죽음에 대한 책임을 떠안은 배트맨은 모든 것을 희생하며 떠난다. 범죄방지 덴트법으로 인해 한동안 평화가 지속되던 고담시의 파멸을 예고하며 나타난 마스크를 쓴 잔인한 악당, 최강의 적 베인이 등장한다. 베인은 배트맨이 스스로 택한 유배 생활에 종지부를 찍게 하지만, 다시 돌아온 배트맨에게 베인은 만만한 상대가 아니다. 자신을 거부한 사람들의 고통을 지켜볼 것인가, 정의의 수호자로 나설 것인가. 배트맨은 승패를 알 수 없는 마지막 전투를 시작하려 하는데...

FBI가 사용하는 전문 심리 기법을 통해 사람들의 마음을 꿰뚫어보는 탁월한 헤드헌터 ‘로저(엑셀 헨니)’는 고가의 미술품을 훔치고 대신 위작을 걸어놓는 행위를 비밀리에 일삼고 있다. 그러던 어느 날, 아내의 소개로 만난 ‘클라스(니콜라이 코스터-월도)’가 루벤스의 사라진 명화를 소장하고 있다는 사실을 알게 된 로저는 그림을 훔쳐 거액을 챙기고 새로운 삶을 살기로 다짐한다. 하지만 그 마지막 한 탕에서 모든 일이 엇나가기 시작하고, 설상가상으로 아내가 클라스와 외도를 했다는 충격적인 사실마저 밝혀지는데… 애써 훔친 그림으로 한몫 벌기는커녕 도리어 사람 사냥꾼에게 쫓기는 신세에 처하는 로저. 그는 클라스의 정체를 밝히고 자신의 삶을 되찾을 수 있을까?

인간과 요괴 사이에서 존재하던 고대의 휴전 협정이 수 천년이 지난 후, 세상을 지배하려는 요괴 세상의 누아다 왕자에 의해 깨어진다. 누아다 왕자는 세상을 장악하기 위해 파괴를 목적으로 한 기이한 창조물들을 찾고, 수 천년간 잠들어있던 최강의 군단 ‘골든 아미(Golden Army)’ 를 깨운다. 이에 '헬보이'는 불을 다스리는 여자 친구 ‘리즈’, 사람의 마음을 읽는 ‘에이브’ 등, 각기 다른 능력을 가진 BPRD 요원들과 함께 누아다 왕자와 골든 아미를 막기 위한 최강의 대결을 시작한다!