Vuosi 2029 - naiskyborgi ja valtion agentti, majuri Motoko Kusanagi ja Sisäisen Tutkinnan Virasto ovat päässeet mystisen tietokoneviruksen, "Nukkemestarin" jäljille. Erityisen uhkaavan viruksesta tekee se, että se on kykenevä imeytymään ihmiseen ja käyttämään häntä isäntänään! Yhdessä osasto 9:n kollegojen kanssa Motoko aloittaa huipputeknologisen kilpajuoksun aikaa vastaan, tavoitteenaan vangita tämä kaikkialla läsnäoleva entiteetti.

Hideo Yamamoton Ichi the Killer -mangan päähenkilö on lapsena kiusattu ja itsesäälissä rypevä nörtti. Hypnoosin avulla hänestä tulee Japanin alamaailman häikäilemättömin ja sadistisin tappaja. Kun shinjukulaisen yakuza-ryhmittymän päällikkö katoaa mukanaan miljoona jeniä, hänen lävistyksiin hurahtanut kakkosmiehensä, albiino sadomasokisti Kakihara käynnistää massiivisen ihmismetsästyksen jonka kohteena on salaperäinen sadistitappaja Ichi. Jäljitys ulottuu kriminaalikonttoreihin, seksiklubeihin ja muihin hämäräperäisiin paikkoihin.