Действието във филма е ситуирано в 26-ти век, 300г. след като човечеството се е изправило пред катастрофална война и киборгите са надделели. Главният герой е Алита, младо момиче в тяло на киборг , което след като е открито, стегнато и поправено, осъзнава че е загубило паметта си и дори не знае коя е!
Филмът разказва за един обикновен мъж на средна възраст, който живее заедно с надуваемата си кукла Нозоми - говори й на вечеря, облича я, прави секс с нея. Неочаквано за нея самата, оказва се, че куклата притежава сърце. И всеки ден, след като стопанинът й излезе за работа, куклата опознава света извън апартамента с детинско любопитство. Нозоми започва работа в местната видеотека, дори се влюбва в колегата си...
Филмът разказва историята на Manji (Takuya Kimura), умел фехтувач, прокълнат с вечен живот, без други умения, освен да убива. Затова решава да си възвърне смъртността, като убие по сто зли хора, за всеки добър, който е убил. Старата вещица, която го е направила безсмъртен, се съгласява с предложението на Manji' да убие още хиляда зли хора. По пътя си той среща младо момиче на име Rin Asano (Hana Sugisaki), която търси отмъщение срещу школа за обучение на фехтувачи, чиито членове убили семейството и. Rin и Manji пътуват заедно, всеки с надеждата да намери някакъв мир. По своя път те срещат много и различни врагове, попадайки почти постоянно под атака и трябва да се научат да живеят живота си, без да бъдат погълнати от жаждата за отмъщение…
Двама братя загубват майка си поради неизлечима болест. Чрез "алхимия", те осъществяват немислимото - преобразуват я. Но всичко се проваля и цената, която плащат, задето са използвали този тип алхимия, е загубен ляв крак за по-големия брат - Edward Elric (Ryosuke Yamada), и загубено изцяло тяло на по-малкия - Alphonse Elric. За да спаси брат си, Edward жертва дясната си ръка и успява да всели душата на брат си в една броня. С помощта на семейни приятели, той се сдобива със стоманени крайници - "Аутомейл", за да замести загубените. Той се заклева да намери Философския камък, за да възвърне телата и на двамата, дори това да означава, че трябва да стане "Държавен Алхимик" - такъв, който използва алхимията в полза на армията…