Etorkizun urrunean, apokalispsiaren mila urte beranduago, Lurraren zati handi bat "Fukai" izeneko baso batez estalita dago. Baso horrek pozoia aireratzen du eta intsektu erraldoiez josia dago. Gizakia gainbeheran dago, herri asko izan dira irentsiak Fukaiarengatik eta bizirik jarraitzen direnek gogor lan egin behar dute bizirauteko. Nausicaä, Haize Haraneko printzesa da, erreinu oso txiki bat. Ontziak bikain pilotatzen dituen eta intsektuak etsaitzat hartzen ez dituen neska.

Mahito, 12 urteko gazte bat, hiri berrira egokitzen ari da ama hil ostean. Lertxun hiztun batek amak bizirik jarraitzen duela esaten dio, eta dorre batean sartzen da haren bila, beste mundu batean bukatuz.