Shelter cuenta la historia de Rin, una chica de 17 años que vive su vida dentro de una simulación futurista completamente sola en una soledad infinita y hermosa. Cada día, Rin se despierta en la realidad virtual y usa una tableta que controla la simulación para crear un mundo nuevo, diferente y hermoso para ella. Hasta que un día, todo cambia y Rin descubre los verdaderos orígenes de su vida dentro de una simulación.

Una banda de música nazi (donde destacan Hirohito tocando la tuba, Göring tocando la flauta travesera, Goebbels tocando el trombón y Mussolini con el bombo) empieza a tocar una canción (en la cual dicen estar orgullosos de hacer "Heil en el rostro de Hitler" y definen como un "super-hombre" a todos los de raza aria) que despierta al pato Donald, lo que da lugar a numerosas situaciones.

Los tres cerditos vivían en el bosque con su madre hasta que se hicieron mayores. Uno se hizo una casa de paja trabajando pero un día apareció el lobo y al no abrirle se la tiró. El segundo cerdito la hizo de madera y cuando la hubo terminado apareció su hermano se metieron en la casa pero el lobo también la derrumbó. El tercer cerdito la hizo de ladrillos y ahí se refugiaron todos. Como el lobo no consiguió que salieran de casa se coló por la chimenea cayendo al fuego y no volviendo a saber más de él.

Tres amigos intercambian cabezas accidentalmente y se ven obligados a vivir la vida de los otros. ¿serán capaces de mantenerlo en secreto? ¿Alguna vez recuperaran su propia cabeza?