Piętnaście lat po Drugim Uderzeniu zobojętniały nastolatek Shinji dołącza do grupy swojego ojca, by walczyć z aniołami. Wszystkich może jednak zniszczyć prawda.
Po siedmiu latach od ukończenia szkoły Nagisa i Karma wracają do swojej klasy.
Digimony żyją we własnym świecie, który istnieje obok realnego. Jednym z portali łaczących oba światy jest internet. Wiele dzieci na swoich laptopach komunikuje się z digimonami, przeżywając rozmaite przygody. Niestety jeden digi-wirus postanawia podbić realny świat ...