Minął rok od powrotu ducha Menmy do Super Peace Busters. Chociaż czas, jaki spędzili razem tego lata, był krótki, pięciu członków wspomina o tym, co się wydarzyło, pisząc list do zaginionego przyjaciela.

Pewnego słonecznego dnia nieśmiały chłopiec, który wyraża się poprzez haiku, poznaje gadatliwą, ale nieco wstydliwą dziewczynę. Tak zaczyna się ich wspólne magiczne lato.

Jest rok Universal Century 0093. Char Aznable objął dowództwo nad Neo Zeon, buntownikami kosmosu. Mocno wierzy, że ludzkość może osiągnąć pokój tylko przenosząc się w kosmos. Dlatego planuje rozbić oś olbrzymiej asteroidy, skierować w Ziemię i pogrążyć planetę w nienadającej się do zamieszkania zimie. Char również z niecierpliwością oczekuje okazji do rozstrzygnięcia 14-letniej rywalizacji z Amuro Ray. Obaj byli czasami niechętnymi sojusznikami, ale Char nigdy nie wybaczył Amuro za spowodowanie śmierci jednego z jego towarzyszy podczas Wojny Rocznej. Tylko Londo Bell Unit Federacji Ziemi ma moc powstrzymania Char'a przed wypełnieniem jego niebezpiecznego celu. Na czele obrony Ziemi stoi kapitan-weteran Bright Noa i Amuro Ray w najnowszym kombinezonie mobilnym Nu Gundam. W tym ekscytującym zakończeniu oryginalnej serii Gundam Londo Bell angażuje się w ostateczny konflikt z Neo Zeon, który zadecyduje o losach Ziemi i zakończy tę wieloletnią rywalizację - raz na zawsze.

Poznajmy rodzinę Yamadów: Takashi (głowa rodziny; typowy przedstawiciel klasy średniej), Matsuko (zwariowana pani domu, która nie do końca radzi sobie z prowadzeniem tegoż domu), Shige (babcia o niewyparzonym języku), Noboru (syn, który chciałby, żeby jego rodzice byli bardziej "cool"), Nonoko (córka, mała dziewczynka o dużym głosie) oraz Pochi (dość kłopotliwy piesek). Yamadowie mieszkają w Tokio i starają się dzielnie stawiać czoła problemom życia codziennego w wielkim mieście. Ranga tych problemów jest zróżnicowana, a chwile komiczne przeplatają się z dramatycznymi. Zacięta walka o telewizyjnego pilota, pierwszy telefon od dziewczyny Noboru, konfrontacja taty z groźnym motocyklowym gangiem..

W 123 roku Powszechnego Stulecia, potyczki między rządem Federacji a grupą rebeliantów Crossbones Vanguard odbijają się echem w koloniach kosmicznych Ziemi. Jedna z tych małych bitew ma miejsce w rodzinnym mieście młodego Seabooka Arno, zmuszając go i jego przyjaciół do ucieczki i skazując ich na polityczne zamieszanie, które szybko przekształca się w wojnę totalną. Seabook spotyka Cecily Fairchild, wnuczkę arystokratki Meitzer Ronah, która stara się stworzyć nową potęgę polityczną o nazwie „Cosmo Babylonia”. Używając Crossbone Vanguard jako swojego mięśnia, rodzina Ronah planuje przywrócić arystokratyczne rządy i ustanowić system gospodarczy, który przyniesie korzyści szlachcie, niszcząc w ten sposób jakość życia zwykłych ludzi na Sferze Ziemi. Seabook ma za zadanie pilotować Gundam F91, mobilny kombinezon stworzony przez jego matkę, i musi wybierać między ochroną status quo Federacji a współpracą z Cecily, aby znaleźć lepszy sposób na życie dla wszystkich.

Studiujący w Tokio Taku jedzie do rodzinnego miasta, aby wziąć udział w klasowym spotkaniu. Podczas przesiadki na stacji metra spostrzega dziewczynę, do złudzenia przypominająca mu Rikako, koleżankę z liceum, która odcisnęła trwały ślad w jego pamięci. Pochodziła z wielkiego miasta, była piękna i błyskotliwa, ale jednocześnie wyniosła i arogancka. To połączenie sprawiało, że nie była specjalnie lubiana przez koleżanki, za to wśród chłopców budziła niemałe zainteresowanie. Szczególnie zafascynowany był nią najlepszy przyjaciel Taku, Yutaka…

Siedemnastoletnia Tita, kapitan statku Cha Cha Maru jest jedną z kolonistek planety Yietta korzystających z dobrodziejstw unikalnych oceanów płynnego gazu. Razem ze swoją załogą specjalizuje się w pozyskiwaniu egzotycznych form życia zamieszkujących owe oceany i ich sprzedażą międzygalaktycznym sklepom ze zwierzętami. Pewnego dnia, podczas drogi do pracy staje się świadkiem pościgu młodej dziewczyny przez wojsko. Postanawia jej pomóc nie wiedząc jeszcze jakie będą tego konsekwencje. Po udanej ucieczce okazuje się, iż Tita wpakowała siebie i swoją załogę w poważny konflikt, jednak dziewczyna się nie poddaje i postanawia pomóc swojej nowej znajomej Elysse rozprawić się z ludźmi, chcących pozyskać od niej informacje, które ujawnione mogą zagrozić bezpieczeństwu całej planety.