Vi befinner oss i USA i ikke så fjern fremtid. Jorden har blitt overbefolket, og som et resultat har hver kvinne bare lov til å føde ett barn hver. Kaptein John Brennick er på flukt med sin kone Karen etter å ha brutt forbudet. De mistet sitt første barn, og Karen er nå gravid for andre gang. I et desperat forsøk på å krysse grensen blir Brennick fengslet og brakt til Jernfestningen; et høyteknologisk fengsel drevet av en sadistisk fengselsvakt.

Fra fjellene i Sentral-Asia til ørkenen i Egypt, gjennom overfylte gater i Paris til havet under nordpolen, kjemper et team av elitesoldater kalt G.I. JOE. I dette actionfylte oppdraget bruker soldatene det siste av neste-generasjons-spionutstyr og militærteknologi for å bekjempe den slue våpen handleren DESTRO og den økende trusselen fra den mystiske organisasjonen COBRA som kan føre verden ut i det totale kaos.