قبل ثلاثين عامًا ، وصل الفضائيون إلى الأرض. ليس للغزو أو تقديم المساعدة ، ولكن للبحث عن ملجأ من كوكبهم المحتضر منفصلة عن البشر في منطقة جنوب إفريقيا تسمى المنطقة 9 ، تتم إدارة الأجانب بواسطة شركة Multi-National United ، التي لا تهتم برفاهية الأجانب ولكنها ستفعل أي شيء لإتقان تقنيتهم المتقدمة. عندما يتعاقد الوكيل الميداني للشركة مع فيروس غامض يبدأ في تغيير حمضه النووي ، فهناك مكان واحد فقط يمكنه إخفاءه: المنطقة 9.
تدور أحداث الفيلم حول فريق (جي آي جو) الاستخباراتي، والمزود بأحدث الأجهزة في عالم التجسس وأرقى التقنيات، والذين يعملون علي إيقاف منظمة إرهابية تدعى (كوبرا) والتي تحاول تدمير العالم.