Potem, ko mu je skrivna agencija vzela identiteto, spomin in ljubljene osebe, se skrivni agent Bourne vrača še v tretje, da bi dokončno obračunal z ljudmi, ki so mu uničili življenje, in ki ga še vedno skušajo za vedno utišati. V iskanju odgovorov ga sled pripelje do zvedavega novinarja Rossa, ki prav tako postane tarča neusmiljenega vladnega predstavnika Noaha. Ta v lov za ubežnikoma pošlje odločno agentko Pamelo, po življenju pa jima streže tudi okrutni morilec Paz, toda vpleteni se ne zavedajo, da je Bourne najbolj nevaren prav takrat, ko ga pričnejo stiskati v kot.
Pred dvema letoma je Jason Bourne odkorakal v neznano in pustil preteklost za sabo. Zdaj pa se preteklost vrača. Bourne in Marie sta uspela živeti neopazno, nevpadljivo, izven vsakega sistema. Selila sta se iz kraja v kraj, da bi bila neprestano korak pred morebitno grožnjo, ki jo Jason Bourne, stalno pod vtisom raztrganih in nerazložljivih nočnih mor, vidi v pogledu vsakega neznanca, v vsakem telefonskem klicu, ki se konča z "Oprostite, napačna številka." Ko se v zaspani indijski vasici, kjer sta si spet za nekaj časa ustvarila dom, pojavi neznani agent, jima ne preostane drugega, kot da zbežita. Žal jima ne uspe. Bourne se mora posloviti od mrtve Marie. Prišel je čas, da izpolni obljubo. Nekdanjim nadrejenim je obljubil, da jih bo našel in obračunal z njimi, če ju ne pustijo na miru. Morali bi ga poslušati.
Analitik Cie, ki opravlja pisarniška dela, se prostovoljno prijavi za nalogo pod krinko, da bi se infiltriral v svet smrtonosnega trgovca z orožjem in preprečil diabolično globalno katastrofo.
Leta 1973 je izraelska vojska izgubila borec z jedrsko raketo, ki so ga izstrelile sovražne sile. Rakete ni bilo nikoli več najti. Devetindvajset let pozneje ga stari Arabin najde na pol pokopanega in zapuščenega na Golanu ter ga proda najemniku s povezavami z neonacističnimi potenciali. Hkrati v Rusiji prihaja do nove menjave predsednika in novi vodja, komaj znan, ne vzbuja popolnega zaupanja za CIA ... Nova in vznemirljiva pustolovščina za agenta CIA Jacka Ryana (zdaj ga igra Ben Afflecka in prej sta ga zaživela Alec Baldwin in Harrison Ford). Film je imel polemiko tako, da se je problematike terorizma lotil apokaliptično, ko je bil spomin na 11. september še svež. Še več, v romanu Toma Clancyja so bili teroristi muslimanski fanatiki, toda producenti so se v adaptaciji filma odločili, da jih bodo "zamenjali" z neonacističnimi teroristi.