A história do filme começa quando Arata inadvertidamente toca “Hermes Apocrypha”, Grimoire de Lilith. De repente, ele é envolvido por uma luz branca brilhante e uma menina aparece diante dele. Ela se chama Lilim e trata tanto Arata e Lilith como seus pais. Ao mesmo tempo que ela aparece, algo muda no mundo. A Eternal Library proibida desperta. Na Biblioteca é selada a culminação final da Alquimia, o White Demon Lord. O Senhor demônio branco parte para eliminar Arata e a toda a Trinity Seven por usurpar a posição de Demon Lord. Eriçado com poder incalculável, o White Demon Lord ataca Arata e desencadeia uma crise de desespero na qual Arata e a Trinity Seven devem salvar o mundo nesta última batalha.
O mago Merlin (Nicol Williamson) dá ao rei Uther Pendragon (Gabriel Byrne) a mística Excalibur, a espada do poder. Durante uma emboscada Uther é ferido mortalmente e, pouco antes de morrer, enterra a espada em uma pedra. Fica então decidido que o cavaleiro que puder retirá-la da pedra será o novo rei,. Anos depois o país estava divido em guerra entre os senhores feudais até que Arthur (Nigel Terry), um jovem escudeiro, retira facilmente a espada da pedra. O tempo vai mostrar que o fator de desagregação do reino está na atração que Lancelot (Nicholas Clay) sente por Guinevere (Cherie Lunghi), a rainha. E, somando-se a isto, Morgana (Helen Mirren), a meia-irmã de Arthur, decide que Mordred (Robert Addie), o filho que ela teve com Arthur, deve ocupar o trono.
Dois adolescentes perfeitamente normais partem numa aventura mágica para salvarem a sua amiga e a sósia dela de outro mundo. Mas o amor torna tudo ainda mais complicado.
A única coisa que amedronta os gauleses é que o céu caia sobre suas cabeças, e parece que é exatamente isto que vai acontecer, já que uma terrível tempestade assola a aldeia. Paralelamente o druida Panoramix (Henri Labussière) é atingido acidentalmente por Obelix (Pierre Tornade), que o atinge com um menir. Ao acordar Panoramix não se lembra de nada, inclusive a fórmula da poção mágica que dá força sobrehumana aos habitantes locais.
Tímida professora, em busca de seu cãozinho perdido, é transportada para uma terra mágica onde recebe a ajuda de um espantalho, um homem de lata e um leão covarde.
Fate/Prototype é uma versão resumida do projecto original do Nasu (criador do anime). Isto é, esta OVA representa a história e personagens que ele ponderou usar no Fate/Stay Night.