La "Scuola dei Corvi" è il liceo più violento del paese. Bande di studenti combattono tra loro per conquistare l'intero istituto, un risultato che mai nessuno è riuscito ad ottenere. appena arrivato, Genji Takiya, figlio di un boss della Yakuza, inizia ad arruolare membri al suo esercito personale, fino ad arrivare allo scontro con il leader del liceo Tamao Serizawa.

Mara, una studentessa dell'ultimo anno della scuola superiore, scopre che i compagni di scuola possono esplodere spontaneamente in ogni momento. Insieme a Dylan dovrà cercare di sopravvivere in un mondo dove ogni momento potrebbe essere l'ultimo istante della sua vita.

Alla fine di Crows Zero II abbiamo visto Genji Takiya diplomarsi dalla scuola superiore Suzuran. Con l'inizio del nuovo anno scolastico comincia una nuova battaglia per ottenere la supremazia. Con il posto del capo vacante, Toru Goura sembrerebbe la persona più vicina a riempire il ruolo lasciato da Genji, ma dovrà affrontare degli agguerriti rivali. Nel frattempo, comincia a montare un nuovo conflitto con la scuola industriale rivale, la Kurosaki.