У граду Ракуну, који је удаљен од свега и свачега, на 500 метара испод земље налази се тајно истраживачко постројење названа Кошница. Тамо експериментишу са опасним вирусом, али се научници и особље претварају у зомбије и ослобађају мутиране животиње које су служиле за експерименте. Власник погона, корпорација Амбрела и влада да би прикрили дешавања, шаљу специјалаце на челу са Рејн (Мишел Родригез), да за три сата изолују вирус пре него што зарази остатак света. У томе им помаже Алис (Мила Јововић), која због излагања нервном гасу, пати од губитка памћења. Док се њено сећање полако враћа, специјална јединица мора да искључи главни компјутер и да нађе излаз, борећи се са зомбијима, мутантима и самим компјутером, злом за које војна обука није могла да их припреми.
Седам месеци након што је вирус опустошио британска острва, америчка војска објављује да је рат против вируса добијен и да реконструкција земље може да почне. У првом таласу избеглица које се враћају, породица се поново окупља - али један од њих несвесно носи страшну тајну. Вирус још увек није истребљен, а овог пута је смртоноснији но икад.
Алис је једна од свега неколико преживелих после епидемије смртоносног лабораторијског вируса. Ракун Сити је опустошен и смртоносан. Зомбији вребају са свих страна. Алис је била подвргнута биогенетском експерименту, тако да је генетски измењена, и поседује надљудску снагу, чула и вештине. Питање је да ли ће јој то све бити довољно да преживи. За почетак, мораће да удружи снаге са Жил, донедавно припадницом посебне полицијске Специјалне тактичке и спасилачке јединице (С.Т.А.Р.С.) корпорације Умбрела, која такође покушава да преживи али и побегне из града који убрзано постаје град мртваца.
Претходећи догађајима из X-Мен трилогије, филм X-Мен порекло: Вулверин епска је прича о Вулвериновој насилној, али и романтичној прошлости те његовом сложеном односу с Виктором Кридом и злогласним програмом Оружја X. Вулверин сусреће бројне мутанте међу којима се појављују и неке од легенди света X-Мена које већ дуго нисмо видели.