Muromachi Aroan (1336-1573), Ashitaka, Emishi printzipea dena, herriaren aurka egin nahi duen munstro (Nago) batekin borrokatzean zaurituta geratzen da. Zauri horrek madarikazio bat du eta sendabide bila, Nagoren bizilekurantz doa. Hor hiru indar daude borrokan. Basoko animaliak, non Mononoke neska otsoekin bizi den; herritarrak, burdin labeen bidez bizirauten dutenak eta burdin bila basoko zuhaitzak moztu behar dituztenak eta Samuraiak, herria harpilatu nahi dutenak. Animazio japoniarreko pelikula onenetarikoa (edo onena).

Etorkizun urrunean, apokalispsiaren mila urte beranduago, Lurraren zati handi bat "Fukai" izeneko baso batez estalita dago. Baso horrek pozoia aireratzen du eta intsektu erraldoiez josia dago. Gizakia gainbeheran dago, herri asko izan dira irentsiak Fukaiarengatik eta bizirik jarraitzen direnek gogor lan egin behar dute bizirauteko. Nausicaä, Haize Haraneko printzesa da, erreinu oso txiki bat. Ontziak bikain pilotatzen dituen eta intsektuak etsaitzat hartzen ez dituen neska.