אלכס ברנייר (לדגר) הוא חבר במסדר כמרים סודי אשר נקרא "קארולינגיאנס".כאשר מנהל המסדר מת, אלכס נשלח לרומא כדי לחקור את הנסיבות המסתוריות אשר אופפות את מותו.על בית החזה של הגופה מתגלים סימנים מוזרים שיכולים להיות קשורים או לא ל"אוכל החוטאים" (פורמן), עריק אשר מציע מחילה בטקס מיוחד אחרון שמוביל בנתיב אל גן העדן מחוץ לסמכות השיפוטית של הכנסייה.אלכס מגייס לעזרתו את חברו הוותיק האב תומס (אדי) ואיזה אמנית טרודה (סוסאמון) שעליה ביצע בעבר טקס של גירוש שדים.במהרה הוא מוצא את עצמו צולל אל תוך תעלומה מסתורית רק כדי לגלות שהוא עומד במרכזה.
פרויקט מיוחד שיזם התסריטאי הנודע גיירמו אריאגה והוסדר על ידי מריו ורגס יוסה. הסרט מורכב מתשעה פרקים שעוסקים ברוחניות ומציגים את נקודות המבט השונות לקיום האנושי. הפרקים בוימו על ידי תשעה במאים ידועים מרחבי העולם, כולל עמוס גיתאי שביים את הפרק 'ספר עמוס'. "מילים עם אלים" עוסק בשבירות אנושית ובאמונה ובוחן את היחסים בין תרבויות ודתות דרך סרט עלילה. רוחניות אבוריגנית, קתוליות, איסלם, יהדות, שינטו, בודהיזם, נצרות אורתודוקסית, אומגנדה, הינדו ואתיאיזם מקבלים כולם קול וביטוי בסיפורים.