«مایکل کورلئونه» (آل پاچینو) درگیر سرو سامان بخشیدن به امپراتوری ای است که از پدرش، «دون ویتو» (مارلون براندو) به ارث برده است. داستان به طور موازی زندگی «مایکل کورلئونه» قبل از انقلاب کوبا و زندگی «ویتو کورلئونه?» جوان، مهاجرت او از سیسیل به آمریکا و چگونگی رسیدن او به قدرت را نشان می‌دهد و اینکه مایکل چگونه در دادگاه به دفاع از خود در مقابل اتهامات می پردازد…

قرن 23 است. کشتی ستاره ای فدراسیون ایالات متحده آمریکا اینترپرایز در حال انجام مانورهای آموزشی معمولی است و دریاسالار جیمز تی کرک به نظر می رسد از این واقعیت که این بازرسی آخرین ماموریت فضایی دوران حرفه ای او باشد، ناامید شده است. اما خان برگشته است. خان - مرتد درخشان زمین قرن بیستم - با کمک گروه تبعیدی خود از ابرمردان ژنتیکی، به ایستگاه فضایی رگولا یک حمله کرد، یک دستگاه فوق محرمانه به نام پروژه پیدایش را دزدید، کنترل کشتی ستاره دیگری فدراسیون را به دست گرفت و در تعقیب اینترپرایز تصمیم گرفت. اجازه نمی دهد هیچ چیز مانع از انجام مأموریت او شود: دریاسالار کرک را بکشد... حتی اگر به معنای آرماگدون جهانی باشد.

پدرخوانده با از دست دادن برادرش در جریان فعالیتهای تبهکارانه ی خانواده و مبارزه با دیگر خانواده‌ها و همچنین جداشدن همسرش تصمیم گرفته است تا فعالیتهای خانواده را کاملا قانونی کند. بدین منظور قصد دارد تا شرکتی که درآمد اصلی کلیسای واتیکان را تامین می‌کند خریداری نموده و مدیریتش را به دختر و پسرش واگذار کند. اما این معامله ایست پر سود و سران خانواده‌های مافیایی نیز خواهان شریک شدن در آن هستند. از طرفی در کلیسا نیز دستهایی پنهان در تلاش است تا جلو انعقاد این قرارداد را بگیرد. پدرخوانده نیز برای شریک نکردن سران مافیا تاوان سنگینی را خواهد پرداخت.

این فیلم داستان دو خواهر را دنبال می کند که کودکی خود را در کنار پدر سادیست خود گذرانده اند. این دو که بارها توسط پدرشان مورد سوء استفاده قرار گرفته اند، بعد از مرگ پدرشان تصمیم می گیرند که از سحر و جادو استفاده کنند تا روح پدر خود را به این دنیا بازگردانند و از او انتقام بگیرند…